بعد مرور أكثر من عام علي تطبيق قانون الضرائب الجديد والعمل به بالرغم مما يحتويه القانون في أحكامه بنوده من ايجابيات فإنه بدأت بعض مشكلات التطبيق في الظهور مما يتطلب عرضا لأهم هذه المشكلات التطبيقية وطرح الحلول الممكنة لها بدون أن تكون هناك ضرورة إلي الذهاب لمجلس الشعب واجراء تعديل تشريعي للقانون وهو ما تم القيام به فيما يلي من اَراء الخبراء. يقول الدكتور أحمد شوقي رئيس جمعيتي الضرائب المصرية والعربية إنه بالرغم مما يقدمه القانون من مزايا أهمها جعل سعر الضريبة أقل سعر بين دول المنطقة فضلا عن الغاء الاعفاءات الضريبية التي كنا نتنازل عنها لصالح دول أخري إلا أن هناك بعض مشكلات ظهرت بعد تطبيق القانون والتي يمكن تداركها خاصة وأن قانون الضرائب جديد بالكامل وليس تعديلا أو ترقيعا للقانون السابق كما كان يحدث في السنوات السابقة. وهذه المشكلات التطبيقية ترتبط ببعض الأنشطة بصفة خاصة ومنها علي سبيل المثال نشاط المقاولات لأن أغلب مصروفاته سواء توريد مواد البناء أو العمالة المؤقتة والفنية غير مؤيدة بمستندات وهذه المصروفات ان لم يتم احتسابها في الاقرار الضريبي سوف تؤدي إلي زيادة وهمية في دخل الممول لأنها لم تخصم من الأرباح كمصروفات إنتاج كذلك من بين المشكلات التطبيقية والتي تتعلق بنشاط التصدير وعملياته خاصة تصدير الحاصلات الزراعية مثل أزهار القطف ونباتات الزينة حيث يقوم المصدر بتجميعها من صغار المزارعين الذين ليس لديهم كيانات قانونية تتعامل بفواتير أو مستندات رسمية وبالتالي تعود لنفس المشكلة وهي عدم وجود المستندات التي تثبت هذه المصروفات. ويضيف الدكتور أحمد شوقي أن المشكلة الأخري المتعلقة بتطبيق القانون 91 لسنة 2005 هي الخسائر المرحلة والتي لم يتم فحصها واعتمادها عن السنوات السابقة لتطبيق القانون الجديد 91 ففي حالة فحصها وعدم اعتمادها أو اعتماد جزء منها وتم تضمينها للاقرار الذي يقدم في ظل القانون الحالي فإن ذلك سوف يؤدي إلي تعديل الاقرار وينتج عن ذلك دفع فروق بالاضافة إلي غرامات تتراوح بين 5% و8% من الضريبة المستحقة كما أن الممول في هذه الحالة قد يتعرض للمساءلة القانونية بخلاف أمور أخري تترتب علي ذلك. أيضا مشكلة حديد السعر المحايد حيث استحدث القانون في المادة (30) السعر المحايد الواجب تطبيقه علي الاشخاص المرتبطة وطرق تحديده إلا أن الاقرار الضريبي اقتصر علي الافصاح عن طبيعة التعاملات بين الاشخاص المرتبطة ومقدارها ولم يضع القانون أو اللائحة ولم يحدد الاقرار هل هناك ضوابط يلزم علي المحاسب الذي سيقوم باعتماد الاقرار اتباعها عند تحديد السعر المحايد وهل يجوز تعديل السعر المحايد واضافة الفروق حيث إن الاضافات التي جاءت بالاقرار الضريبي جاءت خالية من بند تعديل السعر المحايد. أما الدكتور رمضان صديق أستاذ الاقتصاد والمالية العامة والتشريعات الضريبية بحقوق حلوان يقول إنه من الضروري أن يقوم العمل الضريبي علي الافصاح من جانب كل من الممول والادارة الضريبية فعلي الممول أن يفصح عن جميع معاملاته وبياناته التي تؤثر علي تطبيق القانون الضريبي مما يمكن الادارة الضريبية من التأكد من التزام الممول بأحكام القانون الضريبي التزاما صحيحا كما يقع علي الادارة الضريبية واجب الافصاح الذي يعني توفير المعلومات والبيانات الكاملة التي تعين الممول علي الوفاء بالتزامه الضريبي وتقلل من احتمالات الخطأ أو الوقوع في دائرة مخالفة القانون وهذا ما حدث بالنسبة لقانون الضرائب 91 لسنة 2005 إلا أن ذلك لم يمنع حدوث بعض المشكلات التطبيقية والتي منها أن وجود تفرقة في مواعيد تقديم الاقرار الضريبي بين الاشخاص الطبيعيين وبين الأشخاص الاعتباريين جعل ميعاد تقديم الاقرار وجوبا بالنسبة للنوع الأول مع انتهاء السنة الميلادية دون أن يدع فرصة لمن شاء منهم أن يجعل سنته الضريبية متداخلة مثل السنة المالية في الوقت الذي أتاح ذلك للأشخاص الاعتباريين ومع ذلك لم تخل هذه الاقرارات الضريبية التي يقدمها النوعان الاعتبارية والطبيعية من غموض وأخطاء تقلل من قدرتها علي معاونة الممول عن الافصاح الذي سبق وتحدثنا عنه. ويضيف دكتور رمضان صديق من المشكلات أيضا الخطأ في حساب صافي ايرادات الضريبة علي العقارات المبنية مما يؤدي إلي خصم القيمة بالكامل من إجمالي القيمة الايجارية للوحدات التي يقيم فيها الممول علاوة علي خصم 40% أيضا من القيمة الايجارية لهذه العقارات فضلا عن تجاهله كيفية تسوية الضريبة في حالة حصول الممول علي مرتب يزيد علي 50% في جهة ينتدب إليها ولم يتضمن ما يتعلق بالمزايا العينية التي تضاف إلي الأجر الخاضع ولم يتضمن الاقرار جدولا يبين كيفية معالجة العقود طويلة الأجل وعلاقة هذه المعالجة بقائمة الدخل.