في 6 أكتوبر 1981، اغتالت الجماعة الإسلامية الرئيس المصري أنور السادات. في 8 أكتوبر 1981، قام بعض أفراد الجناح العسكري للجماعة الإسلامية بمهاجمة مديرية أمن أسيوط ومراكز الشرطة واحتلال المدينة، ودارت بينهم وبين قوات الأمن المصرية معركة حامية قتل فيها العديد من كبار رجال الشرطة والقوات الخاصة. وكان للجماعة دورها في حرب أفغانستان حيث قتل عدد من أعضائها، من أبرزهم علي عبد الفتاح أمير الجماعة بالمنيا سابقاً، ومن هناك أصدرت الجماعة مجلة المرابطون، وأقامت قواعد عسكرية لها. ينسب إلى الجماعة محاولات إرهابية لاغتيال بعض الوزراء ومسؤولي الحكومة والشرطة ومن أبرزهم رفعت المحجوب رئيس مجلس الشعب المصري وهناك أقوال أن قتلة تصفية حسابات كما ورد بمرافعة دمندور المحامي بمرافعته والكاتب فرج فودة. في 17 نوفمبر 1997 قامت الجماعة بقتل 58 مواطن في خلال 45 دقيقة معظمهم سياح سويسريون بالدير البحري بالأقصر بمصر فيما عرفت لاحقا باسم مذبحة الأقصر أو مذبحة الدير البحري. وفيها هاجم ستة رجال مسلحين بأسلحة نارية وسكاكين حيث كانو متنكرين في زي رجال أمن، مجموعة من السياح كانوا في معبد حتشبسوت بالدير البحري قامت الجماعة بمحاولة لاغتيال الرئيس المصري السابق حسني مبارك في أديس أبابا عام 1995 وقتل جميع أفرادها آنذاك من قبل الحرس الرئاسي المرافق. في عام 1997 أعلن قادة الجماعة من داخل محبسهم "مبادرة لوقف العنف" وقد حظيت هذه المبادرة برفض من جانب بعض رموز الجماعة في الخارج الجماعة ومن أشهر من أنتقد ذلك من القيادات محمد الحكايمة. في أغسطس 2006 أعلن أيمن الظواهري انضمام عدد من قيادات الجماعة لتنظيم القاعدة. في 24 أبريل 2006 وقعت سلسلة إنفجارات بمنتجع ذهب على ساحل البحر الأحمر وقد أسفرت عن مقتل 23 شخصا وإصابة عشرات آخرين. ووقعت الإنفجارت في وسط المدينة، وتحديدًا في مطعمي "نيلسون" و"علاء الدين" وفي متجر غزالة. في 23 يوليو 2005، قتل 60 شخصا على الاقل في سلسلة انفجارات استهدفت منتجع شرم الشيخ على ساحل البحر الأحمر. وبدأت الانفجارات في منطقة خليج نعمة، ونجمت عن ثلاث سيارات مفخخة على الأقل، حيث استهدف الأول فندق غزالة جاردنز مما أدى لتدمير الفندق بالكامل، واستهدف الثاني منطقة السوق القديم. وفي 30 أبريل 2005، قتل شخص واحد وجرح ثمانية آخرين في انفجار قرب المتحف المصري بالقاهرة. في 7 أبريل 2005 فقد وقع انفجار في قلب مصر القديمة بالقاهرة ما أودى بحياة فرنسيين وأمريكي بالإضافة إلى منفذ الهجوم. وفي 7 أكتوبر 2004، لقي 34 شخصا من بينهم سياح إسرائيليون حتفهم وجرح 10 آخرون في ثلاثة انفجارات استهدفت فندق هيلتون طابا ومنتجعين سياحيين آخرين في سيناء. في 17 نوفمبر 1997، قتل 62 شخصا بما فيهم 58 سائحا في الأقصر، وتبنت الهجوم "الجماعة الإسلامية". وفي 18 سبتمبر أ 1997، قتل تسعة مصطافين ألمان وسائقهم المصري بعد أن تم تفجير حافلتهم خارج المتحف المصري وسط القاهرة. في 18 أبريل 1996 قتل 18 سائحا يونانيا وأصيب 14 بجروح في هجوم على واجهة فندق أوروبا قرب أهرام الجيزة. وتبنت الهجوم "الجماعة الإسلامية" قائلة إنها استهدفت سياحا إسرائيليين. وفي 23 أكتوبر 1994 تبنت الجماعة الإسلامية هجومين في جنوب مصر، ما أسفر عن مقتل بريطاني وجرح خمسة أشخاص آخرين. في 27 سبتمبر 1994 قتل ألمانيان ومصريان في منتجع بالبحر الأحمر. في 26 أغسطس 1994 قام متطرفون إسلاميون بإطلاق النار على حافلة سياحية في بين الأقصر وسوهاج ما أسفر عن مقتل شاب أسباني. وفي 4 مارس 1994 تبنت الجماعة الإسلامية هجوما على عبارة سياحية على النيل في جنوب مصر. وفي 26 أكتوبر 1993 قتل أمريكيان وفرنسي وإيطالي، وجرح سائحان آخران في هجوم شنه رجل على فندق سميراميس بالقاهرة. في 8 يونيو 1993 تم إلقاء قنبلة على حافلة سياحية قرب الأهرام ما أسفر عن مقتل مصريين وجرح 15 سائحا، من بينهم سائحان بريطانيان. وفي 26 فبراير 1993 قتل سائح تركي وآخر سويدي، وشخص ثالث مصري في انفجار قنبلة بمقهى في قلب القاهرة. وقد جرح 19 شخصا آخرين بما في ذلك 6 سياح. في 21 أكتوبر 1992 فقد قتل سائح بريطاني قرب ديروط الجنوبية. وأعلنت الجماعة الإسلامية مسؤوليتها.
