ويدور المحور الثاني حول القدس في الديانات السماوية ويتناول القدس في اليهودية والمسيحية والإسلام.. ويدور المحور الثالث حول القدس في الحضارة الإسلامية ويتناول العهدة العمرية ودلالتها الحضارية ومواقف صلاح الدين ودلالاتها الحضارية والعمارة والفنون في القدس وكذلك القدس في الشعر العربي والأوقاف والتكايا والخانقاوات وإرساء الإسلام للحريات والحقوق لمختلف الطوائف في القدس ويدور المحور الرابع حول مفهوم السيادة في القانون الدولي وتطور السيادة علي القدس حتي العصر الحالي والقرارات الدولية بشأن القدس. ويدور المحور الخامس والأخير حول حاضر القدس ومستقبلها ويتناول خطورة مشروعات تهويد القدس وموقف المنظمات الإسلامية تجاه القدس وموقف الكنائس الشرقية تجاه القدس ونظرة مستقبلية علي القدس. وقال د.زقزوق إن المؤتمر سيهتم بجانبين أساسيين أولاً البعد الديني لقضية القدس والثاني البعد السياسي وكيفية مواجهة المخططات الإسرائيلية لتهويد القدس. ومن المقرر أن يشارك في أعمال المؤتمر 45 وزيراً للأوقاف و34 مفتياً من 61 دولة إضافة إلي باحثين من أكثر من مائة دولة.