عقب صدور الحكم جاء المحامي أشرف فرحات وتقدم في 20 أغسطس باستشكال أمام محكمة الأمور المستعجلة لإلغاء حكم القضاء الإداري وتأييد سعودية جزيرتي تيران وصنافير وحمل الإشكال رقم 1863 لسنة 2016 وتم تحديد جلسة 31 أغسطس لنظر الاستشكال. وأكد المستشكل أن اتفاقية ترسيم الحدود من الأمور السيادية التي تخرج عن ولاية القضاء الإداري، وأن الحكم يعدُّ منعدما لكون مجلس الدولة والقضاء الإداري يمتنع عليه التصدي لأي عمل من أعمال السيادة طبقا لنص المادة 111 من قانون مجلس الدولة، إذ إن الحكم الصادر يشمله البطلان. كما قال مقيم الاستشكال إن الغرض من إقامته اعتراضاً علي الحكم الصادر، وذلك بغرض الحفاظ علي حجية الأحكام حتي لا تتعارض مع بعضها البعض، فكيف يمكن تنفيذ الحكم الآن والاستمرار فيه، بينما الحكم محل طعن أمام المحكمة الإدارية العليا ووارد صدور حكم بالإلغاء. وبعد ثلاث جلسات أصدرت محكمة القاهرة للأمور المستعجلة في 29 سبتمبر حكمها، بوقف تنفيذ حكم القضاء الإداري بإلغاء اتفاقية ترسيم الحدود مع السعودية، وقبلت المحكمة الاستشكال المقدم علي الحكم. وقالت المحكمة في حيثياتها، إن "الاتفاقية المذكورة أبرمتها السلطة التنفيذية بوصفها سلطة حكم في نطاق وظيفتها السياسية وعلاقتها مع دولة أجنبية، والمخولة لها بحكم المادة 151 من الدستور، ومن ثم فهو عمل من أعمال السيادة التي تتميز بعدم خضوعها لرقابة القضاء عمومًا، مهما كانت درجة مشروعيتها، لاتصالها اتصالًا وثيقا بنظام الدولة السياسي، ولدواعي الحفاظ علي كيان الدولة في الداخل والذود عن سيادتها في الخارج ورعاية مصالحها العليا". أضافت أن "الاتفاقيات التي تبرمها الحكومة للأغراض السابقة لا تكون محلاً للطعن بالإلغاء أو التعويض أو وقف التنفيذ أو فحص المشروعية، فهي بمنأي عن نطاق الرقابة القضائية، وهو الأمر الذي خالفه حكم محكمة القضاء الإداري مخالفاً أحكام الدستور والقانون والمبادئ الدستورية المتمثلة في مبدأ سيادة القانون ومبدأ الفصل بين السلطات، وبهذا تكون تلك المحكمة قد تغولت علي اختصاصات السلطة التنفيذية بوصفها سلطة حكم، وأبطلت عملاً من أعمالها السيادية غير الخاضعة لرقابة القضاء". وعلي الفور طعن المحامون الرافضون للاتفاقية علي حكم الأمور المستعجلة، في 4 ديسمبر تقدم المحامي علي أيوب مدير مركز ابن أيوب للدفاع بمذكرة دفاع، في الاستئناف رقم 391 لسنة 2016 مستأنف مستعجل القاهرة، طعناً علي الحكم الصادر في الدعوي رقم 1863 لسنة 2016 مستعجل جزئي القاهرة والمنظور بجلسة اليوم الأحد وطالب خلالها بعدم اختصاص محكمة الأمور المستعجلة وبطلان توقيع ممثل الحكومة المصرية علي اتفاقية ترسيم الحدود البحرية بين جمهورية مصر العربية والمملكة العربية السعودية الموقعة في أبريل سنة 2016. وقررت المحكمة نظر الاستئناف في جلسة 12 ديسمبر وقررت المحكمة تأجيل نظر القضية لإعلان الخصوم وفي الجلسة الثالثة قدم المدعون عددا من المستندات التي تؤكد عدم اختصاص محكمة الأمور المستعجلة بنظر بطلان اتفاقية ترسيم الحدود واختصاص محاكم مجلس الدولة وقررت حجزها للحكم. وفي جلسة 31 ديسمبر أصدرت محكمة مستأنف القاهرة للأمور المستعجلة الدائرة 12 حكما بتأييد حكم أول درجة ورفض الاستئناف عليه الذي قضي بوقف تنفيذ حكم القضاء الإداري ببطلان اتفاقية ترسيم الحدود البحرية بين مصر والسعودية المعروفة إعلاميا باتفاقية تيران وصنافير. وذكرت المحكمة أن حكم القضاء الإداري قضي في أمر يتعلق بشئون الدولة وعلاقتها بدولة أجنبية مما قد يؤثر بالسلب أو الإيجاب علي مصلحة الوطن، وذلك حسب وجهة نظر كل مواطن، وأن حكم القضاء الإداري صدر "منعدمًا"، ويحول دون اعتباره موجودًا منذ صدوره ولا يرد عليه التصحيح، ذلك لأن المعدوم لا يمكن رأب صدعه ولا تلحق به سمة حصانة، ولا يحتاج هذا الأمر إلي حكم يقرره أو ينشئه، لأن العدم لا يحتاج إلي ما ينشئه أو يقرر بانعدامه، ولا يلزم الطعن فيه أو إقامة دعوي بطلب إبطاله. وأنه لما كان يتعين علي المحكمة بعدما كشفت وأظهرت حقيقة حكم القضاء الإداري وصدوره معدوماً عديم الحجية من جهة لا ولاية لها في إصداره، وأن في تنفيذه عدوانًا صارخًا علي أحكام الدستور والقانون والإخلال بالمبادئ الدستورية والنيل من سيادة الدولة، أن تتصدي لهذا الحكم المنعدم وتقضي بوقف تنفيذه بصفة مطلقة.