شهد الاستفتاء الذي طرحته "بوابة أخبار اليوم" خلافاً كبيراً بين قراءها حول خوفهم من فوز أحد مرشحي التيارات الدينية بمنصب رئيس الجمهورية . وكانت البوابة طرحت استفتاءاً على قرائها جاء نصه: "هل توافق على مخاوف البعض من فوز مرشح رئاسي ذات خلفية دينية؟". وجاءت نتيجة الاستفتاء موضحة لهذا الخلاف حيث جاءت نسبة المتفقين مع المخاوف من الرئيس صاحب الخلفية الدينية متساوية للرافضين لهذه المخاوف بنسبة 49%، فيما لم يبدوا 3% اهتمامهم بالقضية. يذكر أن مرشحي الرئاسة ذوي الخلفية الدينية هم رئيس حزب الحرية والعدالة د. محمد مرسي، والعضو السابق بمكتب إرشاد جماعة الإخوان المسلمين والمنشق عنها د. عبد المنعم أبو الفتوح، بالإضافة إلى د. محمد سليم المعروف بتوجهاته الدينية.