قال الكاتب والروائي بهاء طاهر إن قيادات جماعة الإخوان المسلمين قطبيين متشددين، والرئيس محمد مرسي هو الرئيس الشرعي المنتخب. وأضاف أن تيارات الإسلام السياسي لم يأخذها مرور الزمن عبر التاريخ إلا لمزيد من التشدد بداية من مؤسس جماعة الخوان المسلمين حسن البنا ثم سيد قطب ومراحل عددية أفرزت التيارات السلفية الموجودة. وأضاف في حواره مع الإعلامية لميس الحديدي في برنامج "هنا العاصمة" الذي يذاع على قناة "سي بي سي" الفضائية أن سبب ضياع الثورة، أو تأخر جني ثمارها هي غياب فكرة الاستقلال الوطني سواء في التيار الإسلامي السياسي أو الليبرالي عن القرار الأمريكي والغربي. وطالب طاهر قيادات الإخوان من نهج فكر حسن البنا، وأن يكون الهدف الثوري هو الاستقلال الوطني من النفوذ الأمريكي، ومن الفكر الوهابي القادم من الخليج، قائلاً: "إننا أمام نفس الصراع الممتد من أعماق التاريخ بين مؤيدون الدول الديمقراطية الحديثة، ومن يريدون العودة إلى دولة الخلافة والحكم باسم الدين". وأشار إلى مصر تحتاج إلى زعيم يلتف حوله الجميع مثل سعد زغلول والنحاس باشا، إنهما نموذجان لزعماء التف حولهم الجميع وجاءوا بالديمقراطية وذهبوا بها أيضاً. وأكد طاهر أن تجربة تركيا لا تصلح في مصر، فمصر لا يصلح لها إلا النموذج المصري وهي مفهوم الأزهر للدولة الديمقراطية الحديثة عبر وثيقته. وأوضح الروائي إننا في مرحلة صراع، والصراع الحالي لم يبدأ من اليوم، ولكن منذ انشقاق الدولة الديمقراطية والانفصال عن مفهوم الخلافة، ولولا الثوب الديني الذي ارتدته الخلافة العثمانية لما استمرت طوال عقود في حكم مصر. كما أوضح أن هذه الإمبراطورية كانت تعتمد على فكرة فرق تسد، وجاء رفاعة الطهطاوي ليؤكد أن مصر دولة، ويؤكد على مبدأ المواطنة، وبالتدريج تحولت مصر إلى دولة، بفضل مثقفين ومبدعين مثل رفاعة الطهطاوي ومحمد عبده.