تباشر نيابة أمن الدولة العليا برئاسة المستشار خالد ضياء الدين المحامي العام الأول تحقيقاتها في القضية المعروفة اعلاميا باسم استهداف كنيسة مارمينا. اعترف المتهم إبراهيم إسماعيل إسماعيل مصطفي منفذ الحادث الإرهابي خلال التحقيقات بأنه كان علي تواصل مع مجموعة من عناصر تنظيم داعش الارهابي وان التعليمات صدرت له باستهداف عدد من دور العبادة وأنه كان يتلقي الأوامر باستخدام هواتف محمولة غير مزودة ببرامج للاتصال بشبكة المعلومات الدولية للتواصل بينهم تجنبا للرصد الأمني. وقال ان عناصر الجماعة قاموا بتوفير ملاذ آمن له وساعدوه بتوفير الأسلحة والذخائر وإخفائها وامداده بالأموال لتمكينه من تنفيذ العملية الإرهابية. وأضاف المتهم خلال التحقيقات أنه كان علي علاقة بعدد من المتهمين في قضية خلية الجيزة الإرهابية وخلية حلوان وأنه ساعدهم في تنفيذ عدد من العمليات الإرهابية ولكن انقطعت صلته بهم بعد القبض عليهم من قبل الأمن الوطني ولكن كان هناك أشخاص آخرون يتواصلون معه واستكمل المتهم في اعترافاته أنه كان علي علاقة ببعض المتهمين وهم م. سيد (ابوتراب) وأبو حمزه وأبو خديجة وهي الأسماء الحركية التي كانت يتم مناداتهم بها خلال فترة تواجده معهم. هذا وتستكمل النيابة تحقيقاتها بمواجهة الإرهابي ببعض العناصر الإرهابية المحبوسة علي ذمة قضية الجيزة وخلية حلوان. واعترف المتهم بأنه تلقي التعليمات من المتهم وليد حسين محمد (متوفي) حيث أصدر أوامر لهم قبل وفاته بقتل أفراد الأمن المتواجدين في أحد أماكن الخدمة الأمنية التابعة لقسم شرطة حلوان وأنه الذي قام برسم مخطط العملية وكيفية رصد الضباط والتي استمرت لاسابيع واستهدافهم وأنه بعد انتهاء الحادثة هرب ولم يعد له أي علاقة بتلك المجموعة وأنهم قاموا باستخدام إحدي السيارات في تلك العملية والتي تم سرقتها وقام أحد المتهمين بتعليق لوحات معدنية وتغيير شكلها وأنه كان لديهم مخطط لاستهداف منشآت حيوية أخري ولكن القبض علي باقي عناصر التنظيم أفشل المخطط كما انه قام بتنفيذ حادث التعدي علي منفذ تحصيل رسوم الطريق بنطاق مركز الواسطي بمحافظة بني والذي أسفر عن استشهاد عدد (3) من العاملين بالمنف وحادث التعدي علي أحد المقاهي بنطاق قرية العامرية والذي أسفر عن مصرع أشخاص وإصابة 5 آخرين وكذا حادث التعدي علي منفذ تحصيل الرسوم بالطريق الإقليمي بنطاق مركز العياط والذي أسفر عن استشهاد 3 وحادث مقتل مواطن والاستيلاء علي سيارته بمنطقة حلوان واعترف المتهم خلال التحقيقات بارتكابه تلك الجرائم وأنه كان يستخدم دراجته النارية كوسيلة للانتقال من مكان لآخر لتنفيذ عملياته الإرهابية كما أنه كان يختبئ داخل بعض الحقول الزراعية ليبتعد عن أنظار رجال الأمن وأنه كان يمكث بالأيام دون أن يتحرك حتي تتوقف عمليات البحث عنه. وأكد الإرهابي في التحقيقات أنه كان يعتزم استهداف عدد من أقسام الشرطة وقتل ضباطها كما أنه كان يعتزم استهداف بعض رجال الجيش ايضا وأنه تلقي تدريبات قوية مع عدد من الإرهابيين. واستكمل في التحقيقات أنه سمع من بعض عناصر التنظيم أن السلاح يأتي إلي إخوانه من الإرهابيين من خلال سيناء وكذلك المواد التي يتم استخدامها في التفجيرات وانها كان تدخل إلي مصر قادمة من ليبيا عبر تهريبها عبر الحدود. كما أن الإرهابي أكد أنهم كانوا يعتزمون مع إخوانه الارهابيين القيام بسلسلة من الاغتيالات لعدد من الشخصيات العامة واستهداف لعدد من المؤسسات الحكومية لكسر وإحراج قوات الشرطة والجيش أمام الشعب. ووجهت نيابة أمن الدولة العليا للمتهم اتهامات الانضمام لجماعة أسست بخلاف القانون تدعو إلي تكفير الحاكم وشرعية الخروج عليه واستباحة دماء المواطنين المسيحيين ودور عباداتهم واستحلال أموالهم وممتلكاتهم والاعتداء علي أفراد القوات المسلحة والشرطة ومنشآتهما بغرض إسقاط الدولة والإخلال بالنظام العام كما وجهت له ارتكاب جرائم القتل العمد مع سبق الإصرار والترصد والشروع في القتل ومقاومة السلطات وحيازة وإحراز أسلحة نارية دون أن يكون مرخصا له حيازتها.