أثار ما فعله الرئيس المعزول محمد مرسي وأعضاء الإخوان داخل الجلسة الأولي لمحاكمتهم السؤال حول مدي سلطة المحكمة في توجيه اللوم لهم أو معاقبتهم علي الشغب وإحداث الفوضي. أجمع أساتذة القانون علي أن رئيس المحكمة هو المخوّل في إدارة جلساتها.. وأنه وفقاً لقانون الإجراءات الجنائية وأنه يحق له إذا قام المتهم بإثارة الشغب داخل القاعة ومن قفص الاتهام أن يخرجه من القفص وإذا وصل الشغب إلي جناية يصدر رئيس المحكمة قراراً بحبس المتهم علي ذمة جناية جديدة. يقول المستشار عصام أبو العلا رئيس محكمة جنايات شبرا الخيمة إنه من حق المحكمة في حالة إحداث شغب من المتهمين بداخل القفص ولا يرقي هذا الشغب إلي مرتبة الجريمة فإن من حقها كصاحبة الحق في تنظيم وإدارة الجلسة أن تنبه علي المتهم بالالتزام والصمت حتي لا يشوش علي الإجراءات ثم إعادة التنبيه مرة أخري فإذا لم يلتزم يحق للمحكمة إخراجه من القاعة ومباشرة الإجراءات في غيبته ثم إعادته وإطلاعه علي ما تم من إجراءات في غيبته وإخباره بالقرار المتخذ أو الحكم الصادر في القضية، أما إذا كان الشغب قد شكل إحدي جرائم الجلسات مثل التعدي بالسب أو القذف علي أي من الحاضرين بالجلسة فمن حق المحكمة أن تقيم الدعوي عليه وأن تقضي بحبسه كما أن من حق المحكمة أن تحرر مذكرة ضد دفاع المتهم الحاضر معه إذا ما تجاوز هو الآخر النظام المعمول به داخل الجلسة وترفع الأمر للنيابة العامة لاتخاذ شئونها نحوه.. وتنص المادة 342 من قانون الإجراءات الجنائية علي أن ضبط الجلسة وإدارتها منوطان برئيسها وله في سبيل ذلك أن يخرج من قاعة الجلسة كل من يخل بنظامها فإن لم يمتثل وتمادي كان للمحكمة أن تقضي علي الفور بحبسه 42 ساعة أو بتغريمه 01 جنيهات ويكون حكمها بذلك غير جائز استئنافه.. كما تنص المادة 442 علي أنه إذا وقعت جنحة أو مخالفة مثل السب والقذف والضرب علي أي من المتواجدين بالجلسة يجوز للمحكمة أن تقيم الدعوي علي المتهم في الحال وتحكم فيها بعد سماع أقوال النيابة العامة ودفاع المتهم، أما إذا وقعت جناية مثل إذا تعدي أحد المتهمين علي آخر بالقتل أو إحراز سلاحاً أو ضبط مخدرات هنا يصدر رئيس المحكمة أمراً بإحالة المتهم إلي النيابة العامة بدون إخلال بحكم المادة 31 من قانون الإجراءات وفي جميع الأحوال يحرر رئيس المحكمة محضراً ويأمر بالقبض علي المتهم إذا اقتضي الحال.. يقول المستشار زكريا شلش رئيس محكمة جنايات الجيزة: يجب أن تفرق بين عملية الإخلال بنظام الجلسة وارتكاب إحدي جرائم الجلسات أثناء انعقاد الجلسة أو الإخلال بنظام الجلسة قد يكون بإحداث ضوضاء أو تشويش أثناء انعقاد الجلسة فإذا بدر هذا التصرف من جانب أحد المتهمين أو الجمهور فيجوز لرئيس المحكمة أن يخرج من قاعة الجلسة من يخل بنظامها فإذا لم يمتثل وتمادي يجوز للمحكمة أن تحكم علي الفور بحبسه 42 ساعة ويكون حكمها نهائياً مع مراعاة أنه إذا كان من المحامين تقوم المحكمة بتحرير مذكرة بما حدث منه وتعرض علي النيابة العامة لاتخاذ اللازم وكل ذلك وفقاً للمادة 401 من قانون المرافعات والمادة 342 من قانون الإجراءات الجنائية.. أما إذا وقعت جنحة أو مخالفة في الجلسة يجوز للمحكمة أن تقيم الدعوي علي المتهم في الحال وتحكم فيها بعد سماع النيابة ودفاع المتهم أما إذا وقعت جناية يصدر رئيس المحكمة أمراً بإحالة المتهم إلي النيابة العامة ويحرر محضراً ويأمر بالقبض علي المتهم إذا اقتضي الحال ذلك. أما د. أسامة حسنين عبيد أستاذ القانون الجنائي بكلية الحقوق جامعة القاهرة فيؤكد أن هناك مواد ونصوصاً بقانون الإجراءات الجنائية بدءاً من المادة 512 قد نصت علي أن لرئيس المحكمة جميع السلطات والصلاحيات لإدارة جلسات محاكمة المتهمين في مختلف القضايا سواء في الناحية الفنية والإدارية حيث تتمثل النواحي الفنية في اتخاذ جميع إجراءات المحاكمة بدءاً من سؤال المتهم وإجراءات التحقيق من قبل هيئة المحكمة وصولاً إلي نهاية جلسات المحاكمة وهي النطق بالحكم.. أما النواحي الإدارية التي يختص بها رئيس المحكمة تتمثل في ضبط الأمن والنظام بداخل قاعة المحكمة.. وإذا حدث شغب أو فوضي أو ضوضاء من قبل أي متهم بداخل قفص الاتهام.. يحق لرئيس المحكمة أن يثبت في محضر الجلسة الأفعال التي بدرت من ذلك المتهم ويتم من خلاله اتخاذ جميع الإجراءات اللازمة لحفظ النظام مثل أن يأمر رئيس المحكمة بإخراج المتهم من داخل قفص الاتهام ليتم حجزه بغرفة حجز أخري بصحبة رجال الشرطة المكلفين بحراسة المتهمين.. وإذا تجاوز المتهم قواعد الجلسة ووصل الأمر به إلي التطاول أو ارتكاب أي جريمة في جلسات المحكمة.. يقوم رئيس المحكمة بإثبات تلك الواقعة ويقوم بتحريك الدعوي الجنائية ضد ذلك المتهم ويحيل الواقعة للنيابة العامة للتحقيق معه.