شهدت بعض لجان الاقتراع في عدة محافظات كثيرا من المخالفات التي ألقت بظلالها نسبيا علي العملية الانتخابية, وإن كانت لم تؤثر بصورة جوهرية علي الأداء العام والنتائج الإجمالية.. يأتي ذلك في وقت فرضت فيه الأجهزة الأمنية, النظام والسيطرة علي الموقف, وأيضا تعاملت بكل قوة وحسم مع المتجاوزين من المنتسبين إلي كلا المرشحين محمد مرسي وأحمد شفيق, كما حلقت الطائرات الهليوكوبتر التابعة للقوات المسلحة, في سماء العاصمة وعدد من المحافظات وأعلي مقار اللجان الانتخابية, في إطار الإجراءات التي تتخذها القوات المسلحة لتأمين الانتخابات. فقد ألقت أجهزة الأمنية بالقليوبية القبض علي موظف, بسبب اختراقه الصمت الانتخابي أمام لجنة مدرسة الشماء الابتدائية بحي ثاني شبرا الخيمة, وذلك لإقدامه علي الدعاية لصالح المرشح محمد مرسي. تم تحرير محضر بالواقعة برقم5762 إداري وإخطار اللواء أحمد سالم جاد مساعد الوزير لأمن القليوبية, وقام اللواء أبو بكر الحديدي نائب مدير الأمن بإخطار النيابة لمباشرة التحقيقات. وفي باب الشعرية بالقاهرة, أزالت قوات الأمن القائمة علي تأمين لجان مدرسة سيدي محمد البحر الدعاية الخاصة بالمرشحين للانتخابات الرئاسية الدكتور محمد مرسي, والفريق أحمد شفيق, كما منعت قوات الأمن أنصار الطرفين من التواجد أمام مقار اللجان, بعدما انتشارهم حاملين أجهزة اللاب توب, لتوجيه وإرشاد الناخبين. وفي حي عين شمس, حرر رئيس إحدي اللجان بمدرسة الإمام محمد عبده الابتدائية, محضرا ضد ناخب, ومنعه من الإدلاء بصوته داخل اللجنة, وقام بتسليمه لقوات الشرطة المسئولة عن تأمين اللجان الانتخابية. وفي محافظة الشرقية, قال المستشار محمد عامر رئيس محكمة الزقازيق الابتدائية ورئيس اللجنة المشرفة علي الانتخابات في تصريحات صحفية, إنه تم التحفظ علي9 دفاتر مسودة لصالح الدكتور محمد مرسي باللجنة رقم12 بمدرسة حوض نجيح بمركز ههيا. وتعد هذه المرة الرابعة بالشرقية, حيث تم تحريز24 بطاقة باللجنة36 بمركز ههيا وضبط5 دفاتر باللجنة رقم64 بمدرسة تل الجراد مركز بلبيس. كما حرز المستشار رئيس اللجنة رقم21 بمدرسة الثانوية الصناعية بنات دائرة قسم ثاني الزقازيق عدة بطاقات انتخابية مسودة لصالح المرشح المذكور. وفي محافظة قنا, حرر القاضي المشرف علي العملية الانتخابية باللجنة رقم8 بمدرسة السلام الثانوية بقرية الحميدات التابعة, مذكرة تتضمن اكتشافه وجود أوراق انتخابية مسودة لصالح محمد مرسي قبل أن يتم تسليمها للناخبين. وكان مندوب باللجنة قد كشف عن وجود عدد من الأوراق الانتخابية, تم وضع علامة فيها أمام الدكتور محمد مرسي, قبل أن تسليمها للناخبين, وقد اتضح أن هناك عددا من الأوراق تم التصويت من خلالها لصالح مرسي وصلت إلي34 بطاقة انتخابية, وفي الحال, سحب القاضي المشرف علي اللجنة تلك الأوراق وحرر مذكرة بها.