رغم الإعلان عن افتتاحه أكثر من مرة فان مشروع انشاء المتحف الأتوني المقام علي مساحة25 فدانا شرق النيل بمدينة المنيا بشكله الهرمي علي طريقة أهرامات الجيزة لايزال متوقفا وكأن لعنة الفراعنة أصابته. مشروع المتحف الاتوني أو متحف اخناتون بدأ العمل فيه رسميا عام1997 ليضم آثارا من فترة حكم الملك اخناتون الذي نقل عاصمة مصر السياسية والدينية من مدينة طيبة الأقصر حاليا إلي منطقة تل العمارنة حيث أقام اخناتون مدينته شرق النيل بمركز ديرمواس حاليا وشيد قصرا لزوجته نفرتيتي وتعتبر فترة حكم اخناتون فترة غير مسبوقة في تاريخ مصر القديم حيث انه أول من دعا إلي التوحيد. وقد تم الانتهاء من تنفيذ المرحلة الأولي للمتحف التي تضم كل الانشاءات الخاصة بالمتحف وملحقاته وهي عبارة عن مبني علي شكل هرمي علي مساحة5 أفدنة مكون من5 طوابق تضم14 قاعة عرض متحفية ومدرسة للترميم ومنطقة بازارات ومسرحا ومعرضا للكتاب ومباني إدارية بتكلفة قدرها48 مليون جنيه.أما المرحلة الثانية والتي تشكل التشطيبات والتجهيزات الخاصة بالمتحف والتي تتكلف45 مليون جنيه فتسير ببطء شديد بسبب نقص الاعتمادات المالية المخصصة من المجلس الأعلي للآثار الأمر الذي أدي إلي تأخير افتتاح المتحف رغم الإعلان عن افتتاحه منذ سنوات طبقا لتصريحات الدكتور زاهي حواس رئيس المجلس الأعلي للآثار ووزير الآثار السابق. ويفسر نافع قطب الخبير في الآثار المصرية أهمية المتحف الاتوني أو متحف اخناتون قائلا: الملك امنحتب الرابع وهو اخناتون أحد ملوك الأسرة ال18 قام بثورة بيضاء من أجل توحيد الديانة وترك طيبة عاصمة مصر القديمة وعبادة آمون واتجه إلي منطقة تل العمارنة الموجودة حاليا بمركز ديرمواس بالمنيا وهي من وجهة نظره منطقة بكر لم تدنسها العبادات القديمة واقام مدينته ووضع لها14 لوحة حدود وكان اخناتون الذي حكم مصر17 عاما الملك الوحيد الذي أقام المعابد بدون سقف متعبدا آتون بدون وسيط وكان يرمز إلي آتون بالقوة التي تحرك الشمس وبعد وفاة اخناتون تعرضت مقبرته وباقي المقابر إلي الاتلاف المتعمد بعد عودة الديانة إلي الأمونية نسبة إلي آمون بدلا من الآتونية.