بداية فإنه ليس كل ما ينسب من مزايا للجامعات الخاصة تتميز به كل هذه الجامعات, ومن أهم ما تتميز الجامعات الخاصة:(1) قلة أعداد الطلاب, وبما تقوم به من دراسات متخصصة وبأعضاء هيئات تدريس ذوي خبرات, فضلا عن تمتعها بالمباني الكبيرة والمعامل وقاعات الدراسة والكمبيوتر.(2) الطلاب الذين يلتحقون بها من الذين لا يجدون أماكن لهم في الجامعات الحكومية تتفق وميولهم.(3) الجامعات الخاصة قادرة علي استقطاب هيئة تدريس ذوي خبرة, توفر لهم مستلزمات التواصل مع الخارج.(4) تعمل علي إنشاء كليات غير نمطية إلي جانب تخفيف العبء عن الجامعات الحكومية.(5) تلتزم بمقاييس الجودة بصورة أعلي من بعض الجامعات الحكومية, وبخاصة عندما تكون الجامعة مرتبطة باتفاقات مع جامعات أجنبية.(6) توجد رقابة خارجية مستمرة لجامعة أجنبية علي بعض هذه الجامعات الخاصة نتيجة لوجود اتفاقيات دولية بينها.(7) إدخال واستخدام تكنولوجيا التعليم الإلكتروني.(8) تقويم الطلاب ببعض الجامعات يساعد علي التفكير والإبداع وليس مجرد الحفظ والتلقين وبخاصة نظم الاختبار والامتحانات. كما أنه ليس ما تعانيه بعض الجامعات الخاصة ينسحب علي كل الجامعات الخاصة, ذلك أن(1) بعض الجامعات الخاصة تعاني رفض وزارة التعليم العالي اعتماد الشهادات من بعض دول عربية, كما تعاني إعطاء تصاريح مزاولة المهنة لخريجيها, أضف إلي ذلك(2) قصور استطاعتها تحقيق التوازن بين الاهتمام بتحقيق الأرباح والاهتمام بالرسالة التعليمية.(3) الاتهامات الموجهة للجامعات الخاصة مثل عدم اشتراط المجموعة في معظم الكليات مقابل زيادة الرسوم الدراسية وعدم التزامها بالشروط والأعراف الجامعية ونظم الجودة.(4) خضوع بعض الجامعات الخاصة لمبدأ الشركات العائلية بمعني أن يديرها بعض أفراد عائلة واحدة مما جعل البعض يطالب بضرورة فصل مجلس أمناء وملاك الجامعات الخاصة عن العملية التعليمية.(5) انخفاض مستوي خريجي بعض الكليات مثل كليات الطب عن مستوي خريجي نظائرهم بالجامعات الحكومية الذين ما زالوا أفضل تدريبا وعلما, وذلك لحداثة الجامعات الخاصة نسبيا في مصر, ومن ثم فإنها مازالت تحتاج إلي المزيد من الخبرات التعليمية.(6) معاناة كليات طب الأسنان من قلة أعداد الكوادر الفنية ذات الجودة العالية.(7) بعض الجامعات الخاصة لا تلتزم بالشروط والأعراف الجامعية ونظم الجودة المعمول بها بالجامعات الحكومية التي مازالت مستخدمة.(8) نظم الامتحانات والمذكرات الدراسية والكتب في بعض الجامعات الخاصة, حيث من المفروض أن يبحث الطلاب أنفسهم عن مصادر المعلومات الأصلية بأنواعها المختلفة الإلكترونية والورقية, والوصول إلي هذه المعلومات تحت إشراف الأساتذة.(9) عدم التوازن بين الربح والتعليم, وأن هامش الربح لا يسمح بتغطية تكاليف العملية التعليمية المطلوبة ببعض الجامعات.(01) مازالت بعض الجامعات الخاصة محتاجة إلي المزيد من الخبرات التعليمية وبخاصة في الكليات العملية.(11) عدم وجود نظام محدد لقبول الطلاب, حيث إن بعض الجامعات تطبق نظام أولوية التقدم بأوراق الالتحاق, ومن ثم يمكن ألا يلتحق بها من حصل علي مجموعة أعلي ممن سبق قبولهم بالجامعة.(21) قصور المناهج التعليمية, حيث إن المناهج في بعض الكليات غير متطورة بالصورة المناسبة, بل تنقل مباشرة عن نظائرها بالجامعة الحكومية, وكذلك اللوائح أيضا.(31) اعتماد بعض الجامعات الخاصة علي انتدابات أعضاء هيئة التدريس بالجامعات الحكومية بنسبة كبيرة.(41) قصور توفير أو تشغيل المعامل والورش والمستشفيات التعليمية الصالحة.(51) قبول الجامعات أعدادا من الطلاب أكثر من قدرتها الاستيعابية.(61) قصور منظومة البحث العلمي لعدة أسباب من بينها قصور توفير استراتيجية واضحة ومحددة للبحث العلمي وانشغال أعضاء هيئة التدريس, وعدم توفير ميزانية للبحث العلمي. وأهم من ذلك كله(71) قصور الاهتمام بالهدف الأساسي من إنشائها الذي يقضي بإنشاء جامعات ذات تخصصات جديدة تخدم خطط التنمية القومية. أستاذ المناهج بكلية التربية جامعة عين شمس