حذرت دراسة طبية من أن بعض مضادات الحموضة التقليدية قد تعرقل توازن البكتيريا الحميدة في الجهاز الهضمي, لترفع معها مخاطر العدوي وغيرها من المشاكل المعوية, وفقا لأحدث الأبحاث التي أجريت في هذا الصدد. وعلي الرغم من التحذيرات المقلقة, أكد الباحثون أن هذه التغيرات لا تؤكد بالدليل القاطع تعرض الإنسان للمرض, في الوقت الذي لا يوصون فيه أي مريض بالتوقف عن تناول ما يسمي بمثبطات مضخة البروتون. وقال الدكتور جون دي بييه أستاذ الطب في مايو كلينيك في ولاية أريزونا, يجب استخدام مضادات الحموضة بأقل جرعة ممكنة للتخلص من الأعراض, علي أن يتم التوقف بين فترة وأخري من استخدامها بشكل دوري.