أثارت تصريحات الدكتور محمد مختار جمعة وزير الأوقاف لتطهير جامعة الأزهر من القيادات الإخوانية في صفوف العمداء والأساتذة قبل بدء العام الدراسي في سبيل السيطرة علي الجامعة والقضاء علي العنف وشغب طلاب الجماعة ردود فعل غاضبة حيث هدد أساتذة وطلاب الاخوان بالتصعيد في حالة اتخاذ أي اجراءات قانونية أو تأديبية ضدهم. بينما اكتفي الدكتور محمد عبدالشافي القائم بأعمال رئيس جامعة الأزهر بقوله أن لن يتم فصل أي أستاذ ينتمي للإخوان إلا بالقانون كشف الدكتور محمد أبوهاشم نائب رئيس جامعة الأزهر في تصريحات خاصة ل"الأهرام المسائي" أن هناك اجتماعا لمجلس جامعة الأزهر 10 سبتمبر المقبل وأنه سيتم اتخاذ قرارات مهمة ضد الأساتذة المتورطين في أعمال الشغب خلال الاجتماع وربما قبل ذلك الموقع. وأوضح أبوهاشم أن الجامعة قامت بحصر جميع أعضاء هيئة التدريس وخاصة القيادات منها واستبعادهم من أي منصب قيادي بالجامعة للتأكد من عدم تأثيرهم علي أي من الطلاب والمعيدين. وشدد أبوهاشم علي أن الجامعة مع استمرار التنمية ودفع عجلة الاستقرار رافضا حدوث أي أعمال شغب أو عنف تحدث داخل جامعة الأزهر. وعلم مندوب الأهرام المسائي أنه سيتم صدور قرار باستبعاد 7 عمداء من مناصبهم نظرا لانتمائهم لتنظيم الاخوان وبالفعل صدر قرار باستبعاد أحد العمداء لإصداره قرارات ادارية مخالفة رغم انتمائه لتنظيم الاخوان. وعلمت "الأهرام المسائي" أنه سيتم استبعاد جميع رؤساء الأقسام المنتمين للإخوان بالإضافة الي وضع ضوابط جديدة للمعيدين الجدد والذين تم تعيينهم في عهد الرئيس المعزول محمد مرسي والذين يصل عددهم الي 6200 معيد معظمهم ينتمي لتنظيم الاخوان بإحالة أي معيد لمجلس تأديب وتحويله لوظيفة ادارية. وكانت جامعة الأزهر قد استبعدت وفصلت العديد من الكوادر الاخوانية وعلي رأسها عبدالرحمن البر مفتي الجماعة والعميد السابق لأصول الدين بالمنصورة ومحمد البلتاجي الأستاذ بطب الأزهر.