تقدم أكثر من 90 من أساتذة وباحثي وطلاب الدراسات العليا، وموظفي وخريجي جامعة النيل، برفع دعوى قضائية أمام محكمة القضاء الإداري بمجلس الدولة، للطعن في قرارات رئيس الوزراء، بقبول تنازل المؤسسة الأهلية التي أنشأت الجامعة عن كل أصول الجامعة، وممتلكاتها وتجهيزاتها وكل التبرعات والمنح التي خصصت للجامعة، لصالح وزارة الاتصالات وتكنولوجيا المعلومات، ومنها لصندوق تطوير التعليم التابع لمجلس الوزراء. طالب أساتذة الجامعة في دعواهم، بإلغاء هذه القرارات وتمكينهم من دخول مقرهم الذي تم إخلاؤه منذ 5 أشهر. يذكر أن الفريق أحمد شفيق رئيس الوزراء السابق، قد أصدر قراراً بنقل ملكية مقر الجامعة من وزارة الاتصالات، إلى صندوق تطوير التعليم التابع لمجلس الوزراء، وصدق عليه رئيس الوزراء الحالي عصام شرف، وتم طرد أساتذة وباحثي وطلاب الجامعة من مقر جامعتهم بالشيخ زايد خلال ثورة يناير 2011، ومنعوا من استخدام معاملهم وأجهزتهم، وقد تواكب مع ذلك توقف كل مصادر التمويل التي كانت تدعم النشاط البحثي والتعليمي للجامعة. يعانى أساتذة وباحثو طلاب الجامعة حالياً، وبعد طردهم من مقرهم من عدم إمكانية الاستمرار في القيام بعملهم، واستكمال أبحاثهم التي يقومون بها بالتعاون مع كبرى الجامعات والمراكز البحثية والشركات العالمية، لتكون جامعة النيل أول جامعة مصرية وعربية تحظى بمثل هذه الثقة، ويدرس بالجامعة حوالي 290 طالب ماجستير، منهم 120 طالب باحث من أوائل خريجي الجامعات المصرية، تمنحهم الجامعة منح كاملة ومرتبات شهرية، حتى يتفرغوا للأبحاث العلمية ويحصل باقي طلاب الدراسات العليا، على منح تتراوح بين 40% و100% ، بالإضافة إلى 86 طالبا بمرحلة البكالوريوس. ومنذ اندلاع الأزمة قامت جامعة النيل، بتقديم العديد من الشكاوى والالتماسات لوزير التعليم العالي والبحث العلمي، ومجلس الوزراء، والمجلس الأعلى للقوات المسلحة لكن دون جدوى. وتردد أن الجامعة ستكون نواة لمشروع الدكتور زويل، ولكن بعد زيارة الدكتور زويل الأخيرة، وقرارات مجلس الوزراء بشأن مشروعه، تأكد أن مقر وتجهيزات جامعة النيل - والتي تم طرد الأساتذة والباحثين والطلاب منها - هي فقط ما سيتم ضمه لمشروع زويل. فى ظل هذا التجاهل من المسئولين، لم يجد العلماء والباحثين والطلاب مفرا، إلا اللجوء إلى القضاء لحل هذه الأزمة.