قدم مراقبون بلا حدود و شبكة المدافعين عن حقوق الإنسان و تحالف المجتمع المدني للحرية والعدالة و الديمقراطية و مؤسسة عالم جديد للتنمية و حقوق الإنسان شكوى إلى اللجنة القضائية المشرفة على تنظيم الاستفتاء تضمنت حدوث أخطاء و تجاوزات في عملية التصويت تؤثر على المعايير الدولية للنزاهة و الشفافية في إدارة العملية الانتخابية . كما تقدموا أيضا بشكوى أخرى إلى اللجنة القضائية المشرفة على تنظيم الاستفتاء بسبب عدم انتظام التصويت نتيجة عدم وجود قضاة بصورة كافية في اللجان الانتخابية بنجع حمادي بقنا و البحيرة و المحلة الكبرى بالغربية ، و وجود نقص حاد في البطاقات الانتخابية في عدة دوائر بالقاهرة و القليوبية و حلوان و الجيزة و عدم تقدير اللجنة للاحتياجات الفعلية للتصويت و اضطراراها إلى طباعة واحد و نصف مليون بطاقة جديدة و وجود بطاقات دون ختم اللجنة و رفض عدد من القضاة التوقيع عليها و هو ما أدى الى توقف التصويت في عدد من اللجان لمدد تراوحت بين ساعة إلى ساعتين .