رحبت بعض منظمات المجتمع المدني بموافقة مجلس الوزراء على مشروع قرار رئيس الجمهورية، الخاص بتعديل أحكام قانون القضاء العسكري، الصادر بالقانون رقم 25 لسنة 1966، واعتبرته يتفق مع المعايير الدولية واستقلال القضاء والتزاما بنصوص الدستور، بخاصة فيما يتعلق بحق الطعن في الأحكام الصادرة في الجنح لتكون على درجتين بدلًا من درجة واحدة، وضرورة أخذ رأي المفتي في الأحكام الصادرة بالإعدام كضمانة للمحكوم عليهم، ولتحقيق التماثل مع ما يتم في القضاء العادي، وتطبيق الإجراءات المنصوص عليها في قانون الإجراءات الجنائية بشأن الأحكام الغيابية وتعديل مسمى المحاكم العسكرية لتتمشى مع مسميات المحاكم في القضاء العادي التي وردت بقانون السلطة القضائية. وأكدت تلك المنظمات أن هذه التعديلات تسد ثغرة كبيرة في قانون القضاء العسكري كانت مثار غضب وانتقاد من جانب المنظمات الحقوقية داخل وخارج مصر. من جانبه، قال حافظ أبو سعدة، رئيس المنظمة المصرية لحقوق الإنسان، إن التعديل، يتفق مع معايير استقلال القضاء ويجعله أكثر من درجة واحدة، والتعديلات التزمت بنصوص الدستور وتقرير حق الطعن في الأحكام الصادرة في الجنح لتكون على درجتين بدلا من درجة واحدة بما يتيح للمتهم المحكوم عليه غيابيا إعادة إجراءات محاكمته مرة ثانية، حضوريا كما يحدث في قانون الإجراءات الجنائية المدنية. وأضاف: التعديلات تسمح لأول مرة باستئناف الأحكام الصادرة عسكريا في قضايا الجنح، حيث كان القانون ينص على تنفيذ الأحكام فور صدورها وأن وجود درجة ثانية من التقاضي يوفر فرصة لمراجعة مدى سلامة تطبيق القانون بشكل مماثل أمام المحاكم العادية. كما رحب ناصر أمين رئيس المركز العربي لاستقلال القضاء والمحاماة بالتعديل واعتبره جيدا، ويتوافق مع المعايير الدولية التي تقضي بأن يكون التقاضي على درجتين بما يتيح للمتهم فرصة أخرى للدفاع عنه. فيما قال محمد زارع رئيس المنظمة العربية للإصلاح الجنائي إن التعديلات تأتي في مصلحة العدالة ولمزيد من الضمانات للمتهمين في ضمان محاكمة نزيهة، الدستور حدد الحالات التي يحاكم فيها المدنيون أمام القضاء العسكري.