شهدت لجنة المقومات الأساسية للدستور والمنبثقة من لجنة الخمسين لتعديل الدستور جدل بين ممثلى الأزهر وبعض أعضاء اللجنة حول المادة الرابعة الخاصة بالأزهر الشريف والتى تنص على أن "الأزهر الشريف هيئة إسلامية مستقلة جامعة يختص دون غيره بالقيام على كل شئونه". واقترح بعض الأعضاء خلال اجتماع اللجنة اليوم الأحد، نقل المادة من باب المقومات الأساسية، بينما اتجه البعض إلى تعديل الصياغة ليصبح الأزهر هيئة علمية إسلامية مستقلة بدلا من هيئة اسلامية، وهو ما وافق عليه ممثلو الأزهر. ومن جانبه دعا د. سعد الدين الهلالى أستاذ الفقه المقارن بجامعة الأزهر، لتحديد مفهوم "هيئة الأزهر" قائلا: "أعضاء هذه الهيئة وهو الشيخ يوسف القرضاوى الذى يقوم بمهاجمة الجيش نهارًا ليلاً". وشمل الاجتماع جدل حول استقلالية الأزهر الشريف، حيث قال: البعض اعتقد أن النص على استقلال الأزهر يجعله غير خاضع للأجهزة الرقابية. ورد الدكتور أسامة الأزهرى العضو الاحتياطى، قائلاً: "إن الأزهر الشريف كيان مستقل وله ميزانية خاصة به".