أثارت حركة المحافظين الجديدة والإعلان عن تعيين المستشار ماهر بيبرس محافظًا جديدًا للإسكندرية خلفا للمستشار محمد عطا عباس، ردود أفعال غاضبة من جانب القوى والحركات السياسية المدنية بالإسكندرية، التي رأت أن القرار هو استمرار لسياسة أخونة مؤسسات الدول، وتوالت ردود أفعال السياسيين الرافضة للقرار منذ صدوره. وأعرب محمد سمير -المتحدث باسم اللجنة التنسيقية ل 30 يونيو- والتي تضم عددا من القوى السياسية بالإسكندرية من بينها حركات كفاية ولازم وحزب الدستور وشباب 6 أبريل عن رفض اللجنة لحركة المحافظين، التى أعلنتها الرئاسة على اعتبار أنها تؤكد كل ما قام به النظام سابقا من تمكين جماعة الإخوان المسلمين ورغبة الجماعة في السيطرة علي مفاصل الدولة بتعيين سبعة محافظين دفعة واحدة من جماعة الإخوان. وواصل سمير: "بالإضافة لمحافظ واحد من كل من البناء والتنمية وغد الثورة الدائرين في فلك الإخوان، والتى أيضا لم يختلف فيها عن ما كان يفعله الرئيس المخلوع بتعيين لواءات جيش وشرطة محافظين للمحافظات الحدودية"، على حد قوله. وأعرب سمير عن صدمته من تعيين أحد قيادات الجماعة الإسلامية، والذي كان أميرا لها في أسيوط وهي التي ارتكبت مذبحة الدير البحري عام 1997، التي راح ضحيتها عشرات الضحايا محافظا للأقصر، لافتا إلى أن هذا التعيين هو محاولة لاستقطاب الجماعةالإسلامية للتضامن مع حكم الإخوان فى الفترة الحالية. وقال سمير إن حركة المحافظين، التي جاءت قبل أيام من مظاهرات 30 يونيو ستكون حلقة من حلقات الغضب الشعبي ضد جماعة الإخوان المسلمين. من جانبه استنكر حزب العدل بالإسكندرية على لسان المتحدث الرسمي باسمه محمد عبد الغفار حركة المحافظين الجديدة، معتبرًا أن تعيين المستشار ماهر بيبرس هو تأكيد على استمرار السيطرة الإخوانية على المحافظة، من خلال حسن البرنس، نائب المحافظ واستمرارا لتهميش دور المحافظ، كما حدث مع من سبقه. كما أعربت حركة شباب اليسار بالإسكندرية عن رفضها الكامل لحركة المحافظين الجديدة، مؤكدة أنها حملت بجانب أخونة الدولة عودة الجيش بعد الثورة إلى الحكم. ودعا حسين جمعة، منسق التحالف الشعبى، الشعب السكندري إلى الاحتجاج على تعيين المستشار ماهر بيربس محافظا جديدا للإسكندرية، والتصعيد ضده وضد النائب الإخواني الدكتور حسن البرنس، ابتداء من يوم 30 يونيو لإسقاط النظام، على حد قوله.