أغلقت الساعة التاسعة من مساء اليوم الأربعاء بمحافظة الأقصر، صناديق الاقتراع وذلك في أول يوم للانتخابات الرئاسية، وقام القضاة وأعضاء النيابة العامة وأعضاء الهيئات القضائية بإغلاق صناديق الاقتراع بالشمع الأحمر ووضع خاتم كل منهم على صندوقه، بالإضافة إلى رقم كودي مسلسل لكل استمارة، كما أغلقوا أبواب ونوافذ المقار الانتخابية بالشمع الأحمر وتحرير محضر بأعداد الذين أدلوا بأصواتهم والذين لم يدلوا بأصواتهم. ويتولى رجال القوات المسلحة والشرطة حماية وتأمين مقار اللجان الانتخابية والتي ستستمر حتى الساعة الثامنة من صباح الغد، حيث يستهل القضاة أعمالهم بالتأكد من صحة الأختام على الشمع الأحمر على الأبواب والنوافذ وصناديق الاقتراع، ثم يتم استئناف عمليات الاقتراع والتي ستستمر حتى التاسعة من مساء غد الخميس. ورصدت "بوابة الأهرام" مخالفات العملية الانتخابية في أول يوم للانتخابات الرئاسية، وكانت أهم المخالفات، تأخر رؤساء اللجان الانتخابية عن فتح بعض اللجان في المحافظة، الأمر الذي تسبب في حالة من التذمر بين الناخبين، ومن اللجان التي تأخر فتحها لجنة مدرسة أبو الحجاج، ولجنة مدرسة نصر الإعدادية بإسنا، التي شهدت تأخرت ساعة إلا ربع كما تأخرت لجنة مدرسة نجع الخطبة عن فتح أبوابها أمام الناخبين لمدة نصف ساعة بسبب تأخر مندوبي المرشحين، ووجد بلجنة رقم 15 في مدرسة أبو الحجاج صندوقان بدل صندوق واحد. كما رصدت "بوابة الأهرام" تجاوزات أمام اللجان الانتخابية أرقام 8 و 9 بمركز الزينية غرب الأقصر حيث قام مندوبو حزب الحرية والعدالة بتوزيع "تشيرت" عليه صورة المرشح محمد مرسى وزجاجات زيت طعام وسكر للتصويت لمحمد مرسى، بالإضافة إلي حيث بعض المنقبات، لسيدات بالقرية غير المتعلمات بالتصويت لمحمد مرسى معللين أنه رجل يحفظ القرآن وسوف يراعى الله فيهم. فيما قام ناشطون في حملة "امسك فلول" بتوزيع آلاف المنشورات على المواطنين بالشوارع ووسائل المواصلات في إطار حملتهم الساعية لعدم انتخاب مسئولين في النظام السابق. كما ظهر وجود عمليات حشد جماعي للناخبين شرق الأقصر وغربها من قبل حملات وأنصار المرشحين من خلال سيارات الميكروباص، كما قام أنصار المرشح الرئاسي الدكتور عبد المنعم أبو الفتوح في لجان مدينة القرنة بالتواجد أمام مقر اللجان مستخدمين أجهزة الكمبيوتر في استخراج أرقام تسجيل الناخبين ولجانهم وتوزيع منشورات دعاية لمرشحهم على هؤلاء الناخبين. وشهدت لجنة أبو الحجاج بمحافظة الأقصر ظهور اسم متوفى مدرج في كشوف الناخبين، وكان قد رصدت "بوابة الأهرام" اسم المدعو يوحنا عدلي مرقص جرجس متوفى في 4 أبريل 2006 رقم البطاقة الشخصية 2701557 في اللجنة رقم 14 بمدرسة أبو الحجاج برقم انتخابي4760. كما قام أنصار عبد المنعم أبو الفتوح وحمدين صباحي مرشحى الرئاسة بإقامة سرادق وخيام أمام إحدى اللجان الانتخابية بإسنا جنوبالأقصر، مما دفع أحد المستشارين لإزالتها. ومن مخالفات العملية الانتخابية " إن أحد أنصار الدكتور عبد المنعم أبوالفتوح حاول التعدي على أحد أنصارعمرو موسى بلجنة البعيرات مركز القرنة بالأقصر، وتعدى عليه بالضرب بالأيدي، وقام رجال الجيش بغلق اللجنة لمدة ساعة وربع ثم استأنفت عملها مرة أخرى وتم تحرير محضر بالواقعة من قبل مندوبي موسى". وكانت قد شهدت لجان الرجال بمحافظة الأقصر إقبالا كبيرا مثل مدرسة أبو الحجاج في حين ظل إقبال السيدات ضعيفا للغاية في لجان السيدات مثل لجان مدرسة صلاح الدين ومدرسة الثانوية بنات.