أكد المجمع المقدس للكنيسة القبطية الأرثوذكسية، فى بيان له اليوم أن الكنيسة تتمتع بعلاقات طيبة مع كنائس العالم، وأن العلاقة ببن الكنيسة القبطية والإثيوبية جيدة وقائمة على أسس المحبة والتعاون والاحترام المتبادل، وقد ظهر ذلك جلياً في الزيارات المتبادلة المملؤة محبة بين بطاركة الكنيستين في العصر الحديث. وأردف المجمع في بيانه أن دير السلطان القبطي هو أحد أديرة الكنيسة القبطية خارج مصر ومباني الدير ومشتملاته ومكوناته تدل على هويته القبطيه شأنه شأن جميع الأديرة القبطية وهو جزء من ممتلكات الكنيسة القبطية الأرثوذكسية في الأراضي المقدسة. وهو مجاور لبطريركية الأقباط الأرثوذكس والكلية الأنطونية وباقي الممتلكات بالمنطقة، ولم تنقطع الرهبنة القبطية في القدس ولم يخلو الدير إطلاقاً يوماً من الأيام من الرهبان الأقباط المصريين حتى الآن. وتابع: نشكر الله أنه بالرغم من المحاولات المتكررة للاستيلاء على الدير لمئات السنين، استطاعت الكنيسة القبطية الاحتفاظ بالدير، وفي كل مرة كان يصدر الحكم في صالح الكنيسة القبطية الأرثوذكسية باستلام الدير بكل مشتملاته. واستطرد : حتى المرة الأخيرة في اعتداء 25 أبريل 1970م حكمت محكمة العدل العليا الإسرائيلية أعلي سلطة قضائية في إسرائيل بتاريخ 16 مارس 1971م لصالح الكنيسة القبطية لما لديها من مستندات تثبت ملكيتها وحيازتها للدير كوضع قانوني دائم في الأراضي المقدسة، مستدركا: لكن للأسف رفضت السلطة الحاكمة تنفيذ قرار المحكمة. وشدد المجمع أن دير السلطان كان وسيظل أحد ثوابت مقدسات الكنيسة القبطية الأرثوذكسية فى الأراضى المقدسة لكل مصرى فى العالم أجمع. وعن بيان الكنيسة الأرثوذكسية الإثيوبية بخصوص دير السلطان والصادر في 5 نوفمبر 2018 قال المجمع المقدس : إننا ننأى عن الرد على ما جاء فيه من اتهامات ظالمة وإهانات جارحة ومغالطات تاريخية بخصوص ملكية وحيازة دير السلطان القبطي. وقدم المجمع المقدس الشكر لكل من قام بالمساهمة في الحفاظ على الهوية القبطية المصرية لدير السلطان، مثمنا دور الحكومة المصرية بكل أجهزتها في الحفاظ على هذا الدير القبطي كأرض مصرية. وأردف: نشكر الله أن حكم محكمة الصلح الإسرائيلية الصادر فى 28 أكتوبر الماضي بخصوص الترميم في دير السلطان اقتصر على أعمال الترميم على الأماكن الخطرة فقط داخل كنيسة الملاك ميخائيل وأن يكون ذلك تحت إشراف مهندس مُعَين من قبل الكنيسة القبطية الأرثوذكسية.