سيتم دفن جثمان البابا شنودة الثالث على مسافة 115 كيلو من القاهرة، بدير الأنبا بيشوى بوادى النطرون، والمقبرة تقع فى الجهة المقابلة للكنيسة الأثرية داخل الدير وقباب القبرة مزينة بالرسوم القبطية، ويحيط المقبرة مجموعة من النخيل وأشجار الزينة مثل الفيكس تاكندا و"الفيكس نتدا" والجهنمية كما يوجد بالقرب من المقبرة أقدم بئر مياه، وتسمى بدير الشهداء.