على مسافة 115 كيلومتراً من القاهرة سيدفن جثمان البابا شنودة الثالث بدير الأنبا بيشوى بوادى النطرون. المقبرة تقع فى الجهة المقابلة للكنيسة الأثرية داخل الدير وقباب القبرة مزينة بالرسوم القبطية ويحيط المقبرة مجموعة رائعة من النخيل وأشجار الزينة مثل الفييكس تاكندا والفيكس نتدا والجهنمية كما يوجد بالقرب من المقبرة أقدم بئر مياه يسمى بئر الشهداء.