أمرت المستشارة رشيدة فتح الله، رئيس هيئة النيابة الإدارية بإحالة كل من كبير أخصائيي الشئون المالية بديوان وزارة النقل، ورئيس قطاع التشغيل والموازنات بوزارة النقل سابقاً للمحاكمة العاجلة . وكانت النيابة الإدارية أجرت تحقيقاً بناءً على مذكرة قام بإعدادها مركز المعلومات والإعلام بالنيابة الإدارية حيال ماتم نشره بصحيفة اليوم السابع بتاريخ 7/9/2016 تحت عنوان "شركة القاهرة للعبارات نموذج لإهدار المال العام" وتضمن الخبر أن الشركة والمملوكة لهيئة الموانئ التابعة لوزارة النقل قد تعدت خسائرها مبلغ (سبعون مليون جنيه). باشر التحقيقات المستشار سعد خليل عضو المكتب الفني لرئيس الهيئة، والتي تبين منها أن العبارتان والمملوكتان لوزارة النقل، واللتان آلتا ملكيتهما لوزارة النقل بقرار رئيس مجلس الوزراء رقم 3304 /2000 وهما (عبارة القاهرة - وعبارة الرياض) وتم إسناد تشغيلهما وصيانتهما لشركة القاهرة للعبارات مقابل سداد مبلغ (اثني عشر مليون جنيه) تسدده الشركة إلى وزارة النقل على دفعات ربع سنوية إلا أن الشركة عجزت عن سداد تلك المبالغ لوزارة النقل. وأمرت النيابة بتشكيل لجنة من الإدارة المركزية للتفتيش المالي بوزارة المالية والتي قدمت تقريرها والذي أسفر عن المخالفات، امتناع شركة القاهرة للعبارات عن سداد كامل مستحقات وزارة النقل وحرمان الخزانة العامة من مبلغ وقدره (اثنان وثمانون مليون جنيه ونصف) والمقيدة بدفاتر الوحدة الحسابية وذلك عن الفترة من 27/5/2009وحتى 26/5/2014، والتي تشمل أيضا الفوائد والمصروفات الإدراية وغرامات التأخير. كان المتهم الأول قد وقع على مطابقة مالية بتاريخ 8/7/2015 والتي تضمنت خصم المصروفات المستحقة لوزارة النقل وعدم مطالبة شركة القاهرة للعبارات بكافة مستحقات الوزارة، على الرغم من عدم اختصاصه بذلك، ودون تفويض من السيد / وزير النقل والمواصلات للتوقيع على تلك المطابقة. وقيام المتهم الثاني بمخاطبة الشركة المذكورة ومطالبتها بإصدار شيك بذات المبلغ الذي انتهت إليه المطابقة السالف الإشارة إليها ودون المطالبة بباقي مستحقات الوزارة ودون الاعتراض على تلك المطابقة. وانتهت النيابة إلى قرارها المتقدم، كما أمرت النيابة الإدارية بإخطار المهندس وزير النقل والمواصلات وبوصفه رئيس الجمعية العمومية للشركة القاهرة للعبارات بضرورة العرض على الجمعية العمومية للشركة للنظر في اتخاذ الإجراءات القانونية حيال رئيس وأعضاء مجلس إدارة الشركة وعرض أمر حل الشركة وتصفيتها و حل مجلس إدارة الشركة أو استمرارها في ضوء الخسائر التي تكبدتها والتي تجاوزت الخسائر فيها نصف رأسمالها وهو مبلغ (أربعون مليون جنيه) على نحو ماجاء بتقرير لجنة الفحص والموضح به وجود مديونية على الشركة قدرت بحوالي (اثنان وثمانون مليون جنيه ونصف) بالإضافة إلي مبلغ (أربعة وعشرين مليون جنيه) لبقاء العبارتين في حيازة الشركة لمدة عامين بعد انتهاء التعاقد.