يمثل الصرف الصحي غير المعالج من السفن والعائمات النهرية مصدر تلوث للمياه العذبة ومعظم وحدات المعالجة الخاصة بمعالجة الصرف من العائمات لا تعمل بصورة جيدة إضافة لعدم كفاية محطات استقبال الصرف الصحي الخاصة بها, وقد تزايد عدد الفنادق العائمة في النيل عاما بعد عام حتي وصل عدد العامل منها حاليا الي300 فندق عائم تعمل بين الاقصرواسوان. ويمر نهر النيل من اسوان حتي القاهرة عبر9 محافظات يسكنها حوالي35 مليون نسمة ومع زيادة عدد المراكب السياحية من وإلي مدينة الاقصرواسوان بدرجة كثافة عالية مما جعل نهر النيل بتلك المنطقة أكثر عرضة للتلوث نتيجة صرف وغسيل ماكينات تشغيل المركبات المتحركة من زيوت وشحوم الي النهر وهي مواد ذات درجة خطورة عالية ولا يتم معالجتها بسهولة صرف المخلفات عن الانشطة الآدمية لمركبات السياحة النيلية في النهر وبعيدا عن محطات المعالجة التي انشئت لهذا الغرض وفي أغلب المراكب ولا تتوفر وحدات مدمجة لمعالجة المخلفات بهذه العائمات. الغريب ان القانون يلزم العائمات بعدم الصرف في النيل اثناء السير لكن بالطبع هذا مجرد كلام وقوانين علي الورق, لأن كثيرا من المراكب السياحية تخفف الحمولة, وتلقي المخلفات وهناك5000 مخالفة في هذا الشأن تم تحريرها ضد العائمات خلال عام2012-2013. ويتعتبر هويس اسنا من أكبر المناطق التي تشهد عملية تفريغ لصرف المراكب الذي يتم ليلا في أغلب الأحيان هروبا من أعين الرقابة وشرطة المسطحات النهرية بجانب ان هناك مراكب تحاول توفير نفقات تشغيل محطات المعالجة بها فتقوم برمي المخلفات مباشرة في النيل. الدكتور المحمدي عيد- الرئيس الاسبق لجهاز شئون البيئة- قال لا يجب اختزال القضية الرئيسية للنيل في سد النهضة, فلدينا مشكلات عديدة منها ان كمية الصرف الصحي ستصل الي12 مليار متر مكعب عام2030, ومشكلات التلوث تتزايد خاصة من العائمات والمراكب السياحية التي تلقي بالصرف الصحي غير المعالج مباشرة في النيل, فيجب تشديد الرقابة عليها وإلزامها بتشغيل محطات المعالجة واستخدام محطات استقبال الصرف.