كارثة حقيقية تهدد عددا كبيرا من قري قنا كل عام مع مجيء موسم الشتاء والسيول حيث تقع19 قرية في نطاق مخرات السيول بمراكز قوص ونقادة وقفط وبندر قنا ودشنا ونجع حمادي, ويزيد من مستوي الخطر عدم قيام المحافظة بالاستعداد بتطهير مخرات السيول. التي تم إنشاؤها في بعض القري وعدم استكمال إنشاء مخرات للسيول في القري الأخري ليبقي التركيز منصبا علي التعامل مع الكارثة بعد حدوثها من خلال صرف ملايين الجنيهات في بناء وحدات سكنية للمتضررين من السيول وصرف التعويضات. ومن أبرز قري السيول في قنا قرية كلاحين بمركز قفط والتي تعرضت للسيل عام1994 مما نتج عنه هدم المنازل لتقوم الدولة ببناء وحدات سكنية للمتضررين علي النظام الحديث, ووفقا لما حذرت منه لجنة المجلس الشعبي المحلي للمحافظة فقد ثبت بأن مخر السيول الذي تم إنشاؤه بقفط قد يتسبب في كارثة بيئية حيث يصب فيه الصرف الصحي بالمدينة والصرف الكيميائي لمصنع الأدوية وفي حالة تعرض القرية للسيل ستدفع مياه السيل تلك المخلفات الكيميائية من خلال المخر إلي ترعة حجارة ثم إلي النيل مباشرة. وفي قوص تعتبر قرية خزام الأبرز في مأساة التعرض للسيول حيث اجتاحتها أكثر من مرة أقواها كان عام1979 ولذلك سميت بقرية السيول, ولأن القرية تقع في مخر السيول قامت المحافظة بعمل سد ترابي انهار جزء منه في سيل عام1985. وهناك قرية أخري بنفس المركز لها حكاية مع السيول وهي قرية حجازة قبلي والتي تعرضت للسيل عام1979 أيضا وكذلك لم تسلم من سيل1985, نتيجة عدم قيام المحافظة باستكمال مخرات السيول بالنسبة للقري المعرضة للسيل في مركز قوص حيث اقتصر مخر السيول من منطقة الرفاعة بحري بنجع العلوين لينتهي من الناحية القبلية عند نجع عدوة العمية. وفي مركز دشنا يتهدد أهالي نجع عبدالقاطر الخطر الدائم من كارثة السيول والتي كانت اكبرها تأثيرا خلال عام1994 حيث تم بناء قرية الكويت للمتضررين وتم تسليمها للأهالي عام1996, فيما كانت قرية المعنا ببندر قنا هي الأحدث في مواجهة كارثة السيول والتي أصابتها عام1996.