شكل اتحاد الكنائس المصرية, مجلس كنائس مصر باتفاق رؤسائها بحيث لايقلص دور هذه الكنائس في مجلس كنائس الشرق الأوسط لأن الأمين المشارك في مصر لهذا المجلس ممثل في مجلس كنائس مصر. وقال المطران نيقولا المتحدث الرسمي باسم بطريركية الإسكندرية للروم الارثوذكس أن دور مجلس كنائس مصر هو تفعيل التعاون بين الكنائس المصرية بشكل أكبر بسبب تقاربها وتفاعل أبنائها بعضهم مع البعض بشكل يومي, واضاف نيقولا ان الهدف من المجلس تعاون الكنائس في مصر فيما بينها في الأنشطة الكنسية, للكهنة والشباب والمرأة والأطفال والأنشطة الاجتماعية, وتفعيل الحوارات المسيحية الإسلامية. وأشار إلي أن المجلس بتشكيلته يحترم قوانين وتقاليد وخصوصية كل كنيسة مشاركة, مما يعني أن كل كنيسة ممثلة فيه هي علي موقفها من مشروع قانون الأحوال الشخصية الموحد لعام2009 بالقبول والتوقيع عليه أو بالرفض حيث ان بعض الكنائس لم تكن حاضرة اللقاءات في مناقشاته ولم توقع علي المشروع لتمسكها بلائحتها الخاصة بأحوالها الشخصية المعمول بها والمطبقة في المحاكم بالدولة ولا مشاكل عليها.