في الوقت الذي تسابق فيه الجمعية التأسيسية الزمن لإنجاز الدستور الجديد, حذر عدد من أعضائها من خلافات حادة تهدد استمرارها.وتأتي قضية النص علي أن الشريعة الإسلامية المصدر الرئيسي للتشريع في مقدمة القضايا الخلافية, حيث يصر البعض علي استخدام تعبير الشريعة الإسلامية, بينما يتمسك آخرون بالنص علي أحكام الشريعة, ويري فريق ثالث أن كلمة مبادئ تفي بالغرض. الخلافات امتدت لتشمل مستقبل مجلس الشوري, الذي يطالب كثيرون بإلغائه, بينما يدعو البعض إلي دعم دوره التشريعي. وتعد نسبة العمال والفلاحين واحدة من أبرز المشكلات الخلافية داخل لجان الجمعية. وتزامن ذلك مع تأكيد الدكتور عاطف البنا أستاذ القانون الدستوري أن أفضل نظم الحكم المناسبة لمصر في المرحلة الجديدة هو النظام المختلط من الرئاسي والبرلماني. وطالبت الدكتورة فوزية عبدالستار أستاذ القانون الجنائي بعدم تضمين الدستور الجديد أي تمييز لفئة علي أخري, مشيرة إلي ضرورة إلغاء نسبة ال50% المخصصة للعمال والفلاحين بالبرلمان, وكذلك كوتة المرأة, لأن تحديد نسبة لأي فئة يتعارض مع مبدأ الديمقراطية.