تقوم رؤية الدكتور محمد مرسي لنظام الحكم في مصر علي التغيير التدريجي من نظام رئاسي شديد المركزية إلي نظام شبه برلمانيتتوزع فيه المسئوليات والصلاحيات بين المجالس النيابية ورئاسة الجمهورية والوزارة. وفي هذا السياق يتبني برنامجه الانتخابي الشوري كمبدأ أساسي تقوم عليه الدولة بكل مؤسساتها, كنمط سلوك ومنهج عام لإدارة مختلف جوانب الحياة في الدولة. ويتضمن ذلك العمل علي أن تكون مصر دولة دستورية تقوم علي دعامات ثلاث: السلطة التشريعية والسلطة القضائية والسلطة التنفيذية, كل منها تعمل بشكل متميز ومتكامل ومتضامن في آن واحد وتغيير سياسة التعيين للمناصب المؤثرة في الدولة المحافظين والمحليات إلي الانتخابات وتشكيل لجنة مستقلة من هيئات قضائية تتولي الاشراف الكامل علي إدارة الانتخابات والاستفتاءات, وفي قلب الجزء الخاص بنظام الحكم في برنامج مرشح حزبالحرية والعدالة يلفت الانتباه عنوان فرعي هو: المرجعية الإسلامية وقد يبدو للوهلة الأولي أنه سيتحدث تحت هذا العنوان عن إقامة دولة دينية, ولكنه في الحقيقة يأخذنا إلي مسار عكسي تماما, حيث يتحدث عن تأسيس الدولة لتكون وطنية دستورية فهي ليست دولة عسكرية أو دولة بوليسية تهيمن عليها أجهزة الأمن, كما أنها ليست دولة ديمقراطية تحكمها طبقة رجال الدين فضلا عن ان تحكم باسم الحق الإلهي وإنما الحكام مواطنون منتخبون وفق الإرادة الشعبية والأمة هي مصدر السلطة وأساس تولي الوظائف المختلفة فيها الكفاءة والخبرة والأمانة, والأمة كما هي صاحبة الحق في اختيار حكمها ونوابها فهي أيضا صاحبة الحق في مساءلتهم وعزلهم. ويركز برنامج الدكتور مرسي بعد ذلك علي إطلاق الحريات وحفظ الحقوق الأساسية لكل مصري, وتحقيق مبدأ المواطنة والمساواة وإلغاء كل أشكال التمييز, والمشاركة الكاملة في الحقوق والواجبات مع خصوصية الأحوال الشخصية, كل حسب شرعته. وإعادة الاعتبار للمؤسسة الدينية الأزهر والكنيسة المصرية والعمل علي استقلالها, وتبني نظام الحكم المحلي وليس مجرد الإدارة المحلية, وحفظ سيادة القانون من خلال بسط وتعزيز سلطان القضاء وضمان استقلاله. شفيق: دستور يؤكد المواطنة ومدنية الدولة إن مسيرة الديمقراطية التي سعت لها ثورة25 يناير لابد أن تستكمل تحقيقا لأهداف الشعب المصري الذي يرغب في أن تكون دولته قائمة علي اساس القانون, تتمتع بديمقراطية راسخة القواعد تتيح المشاركة للجميع.من هذا المنطلق يتعهد الدكتور أحمد شفيق في برنامجه بتنفيذ عدة إجراءات منها: تبني دستور حديث يؤكد مدنية الدولة ومبادئ المواطنة والمساواة في الحقوق والواجبات بين جميع المواطنين, واحترام مكانة الدين وضمان حرية العقيدة وممارسة الشعائر الدينية, وتحقيق التوازن بين السلطتين التنفيذية والتشريعية في اطر نظام رئاسي برلماني تعيين مفوض رئاسي مكلف بشئون الاصلاح السياسي والديمقراطي. ويضع الدكتور أحمد شفيق في برنامجه السياسي موقعا متميزا للحكم المحلي, يتضمن تبني نظام جديد للحكم المحلي يقوم علي انتخاب المحافظين مباشرة, ونقل صلاحيات التخطيط والتنفيذ للانشطة ذات الطابع المحلي من المستوي المركزي إلي المستوي المحلي, وإنشاء مجلس تنفيذي في المستويات المحلية المختلفة تشرف علي إدارة الخدمات المحلية, وزيادة الدور الرقابي للمجالس الشعبية المحلية ومنحها حق الاستجواب وسحب الثقة من المسئولين التنفيذيين المحليين وتكوين لجان تقصي الحقائق, وزيادة موارد المحليات من خلال سلطة فرض رسوم محلية. كما يركز علي مكافحة جميع أشكال الفساد من خلال تعيين مفوض رئاسي مكلف بشئون مكافحة الفساد, ودعم دور المؤسسات الرقابية وعلي رأسها البرلمان والمجالس المحلية, وتوفير الحماية القانونية لمن يقوم من المواطنين بالإبلاغ الموثق والمدقق عن جرائم الفساد, واصدار قانون يمنع اختلاط المصالح الخاصة بالمصالح العامة في العمل السياسي, ووضع ضوبط محددة للتبرعات ذات الأهداف السياسية وتمويل الحملات الانتخابية.بالإضافة إلي دعم المواطنة من خلال تطوير الاطار القانوني المنظم لبناء دور العبادة وبما ييسر عملية البناء والترميم, مراجعة المناهج التعليمية للقضاء علي أي صور للتمييز بها ودعم القضاء من خلال زيادة اختصاصات مجلس القضاء الأعلي, ومنع تدخل السلطة التنفيذية في شئون القضاء, والعمل علي إلغاء أي قوانين استثنائية وإلغاء محاكمة المدنيين أمام المحاكم العسكرية.