رصد التقرير النهائى لغرفة عمليات المركز القومى لحقوق الإنسان، حول نتائج عمليتى التصويت والفرز بالانتخابات الرئاسية، عدة انتهاكات وتجاوزات، تشمل عددا من النقاط، جاء فى مقدمتها، تأخر فتح بعض اللجان الفرعية فى عدد من المحافظات، فى اليوم الأول من التصويت، تلتها الشكاوى المتعلقة بالتجاوزات والقصور فى بعض الأمور الإدارية، مثل عدم وجود حبر فسفورى فى إحدى اللجان. ورصد مراقبو المجلس، منع أحد مندوبى المرشح حمدين صباحى من دخول اللجنة الفرعية بمدرسة الشهيد محمد محمود بقرية كفر منصور بمركز طوخ محافظة القليوبية، رغم وجود توكيل من المرشح، وتم التحفظ على المندوب من قبل قوات الأمن، وبإبلاغ لجنة الانتخابات الرئاسية تم إخلاء سبيله ولم يتم تمكينه من الوجود داخل اللجنة. فيما اسفر عمل غرفة العمليات المركزية بالمجلس القومى لحقوق الإنسان، عن اليوم الأول للانتخابات الرئاسية، عن تلقى عدد 216 شكوى، تم التعامل مع 151 منها ومخاطبة لجنة الانتخابات الرئاسية بمضمونها، كما تم حفظ 65 شكوى. وتلقت غرفة العمليات بالمجلس القومى لحقوق الإنسان خلال متابعة سير عملية الاقتراع 145 شكوى على مدار اليوم الثانى، تمت مخاطبة لجنة الانتخابات الرئاسية ب 91 بلاغا لاتخاذ اللازم تجاهها، كما تم حفظ 54 شكوى. وقد تلقت الغرفة فى اليوم الثالث للانتخابات 62 شكوى، تم تدقيق 14 منها، وتم حفظ 12 بعد فحصها، وتم ارسال 36 بلاغا للجنة الانتخابات الرئاسية للتصرف فيها.