انتقد المشاركون بالمؤتمر الإقليمى الخاص بالهجرة واللجوء فى دول المشرق "مصر وسوريا ولبنان والأردن" قيام الكنائس المصرية بتقديم العون إلى اللاجئين والقيام بهذا الدور، مما يعد ورقة ضغط يمكن استخدامها أمام أية قضايا قد تنشأ، واصفا هذا الأمر بالقنابل الموقوتة. كان التقرير الذى عرض بالمؤتمر حول الواقع المصرى قد كشف أن منظمات المجتمع المدنى العاملة فى مجال قضايا تتعلق باللاجئين فى مصر تواجه العديد من الصعوبات والمشكلات نفسها التى تواجه معظم منظمات حقوق الإنسان المستقلة العاملة فى البلاد وينعكس هذا بوجه خاص على قدرتها على تلقى الأموال من مصادر أجنبية، كما يتجلى ذلك فى الصعوبات المتصلة بتسجيل هذه المنظمات، حيث يتم فى الغالب رفض طلبات التسجيل أو تأخيرها وفى هذه الحالات تقوم المنظمات عادة بالتسجيل كشركات أهلية، بينما يقوم الأعضاء من المحامين بتبنى قضايا اللاجئين بصفتهم الخاصة. من جانبه أكد معتز الفجيرى عضو المكتب التنفيذى بالشبكة الأورومتوسطية، أن اللاجئين والمهاجرين معرضين بشكل أكبر لانتهاكات حقوق الإنسان وإذا كان المواطن نفسه يفتقد هذه الحقوق فما بالك بالمهاجر، مضيفا أن الحكومة المصرية مازالت تستر على مرتكبى مجزرة المهندسين ضد اللاجئين السودانيين والتى راح ضحيتها أكثر من 30 من طالبى اللجوء السودانيين. وأضاف أن هناك حالة من الاستخفاف بأرواح اللاجئين والذى يتم قتلهم على الحدود المصرية بسيناء دون أية محاسبة. مشيرا إلى أن أوروبا حولت حكوماتها إلى حراس لمنع تدفق الهجرات إلى أوروبا لكن لم يتم معالجة الأسباب الحقيقية لتزايد أعداد اللاجئين والهجرة غير الشرعية فى المنطقة، وفى مقدمتها التنمية وتسوية الصراعات، وعلى رأسها الصراع العربى الإسرائيلى. وانتقد الفجيرى الاتفاقية العربية لمكافحة الإرهاب والتى أغفلت تقديم أى ضمانات للاجئين السياسين فى المنطقة العربية،مما يكرس سياسة التعاون الأمنى. من ناحية أخرى حمل د.مجدى عبد الحميد مدير رئيس الجمعية المصرية للنهوض بالمشاركة المجتمعية المجتمع الدولى مسئولية تردى أوضاع المهاجرين فى المنطقة، بسبب تخاذل مواقفه تجاه إنهاء الصراعات الناشئة بين الدول وحمل الغزو الأمريكى للعراق مسئولية تدفق أعداد المهاجرين من العراق إلى دول المنطقة. وكشف التقرير عن أن الباحثين لم يتمكنوا من تحديد أية منظمات عاملة فى تقريرها السنوى لعام 2005 وأن هناك نحو 14 مليون مهاجر دولى معظمهم من العمال و6 ملايين لاجئ فى الشرق الأوسط العربى، كما تستضيف مصر 3 ملايين مهاجر، ويرجع ذلك بشكل أساسى إلى وجود جالية سودانية كبيرة بدأت بالقدوم إلى مصر فى السبعينيات غير أن هناك تقارير أخرى تعطى إحصاءات أكبر ويقدر عدد أفراد الجالية السودانية فى مصر وحدها ب5 ملايين. وقال التقرير، إن مصر واحدة من أكبر 5 تجمعات للاجئين فى المناطق الحضرية على مستوى العالم، ويشكل السودانيون الغالبية العظمى من عدد اللاجئين فى مصر يتبعهم الصوماليون، ثم الإثيوبيون فالإرتريون. وذكر التقرير أن المفوضية لا تقدم إحصاءات حول المشكلات الرئيسية المرتبطة بسبل عيش اللاجئات، وأكد أن هناك شحا فى البيانات المتعلقة بالعنف ضد المرأة فى مصر. وذكر التقرير أن مصر يعيش بها الآن لاجئون ومهاجرون نظاميون وغير نظاميين وموثقون وغير موثقين، ولكن لا تتوافر إحصاءات دقيقة عن تدفقات الهجرة.