إذا كانت المؤسسة العسكرية هى العدو الأول لجماعة الإخوان المسلمين فإن العدو الثانى لهذه الجماعة هى مؤسسة الأزهر الشريف وذلك بعد انحياز كليهما لانتفاضة الشعب فى 30 يونيو والتى أدت إلى الإطاحة بحكم الإخوان والذى لم يستمر سوى عام واحد فقط لم ينجح فيه تنظيم الإخوان فى اختراق الأزهر والدليل أن الأغلبية فى هذه المؤسسة العريقة انحازت إلى قرار الشيخ الجليل الإمام الأكبر الدكتور أحمد الطيب والذى انحاز للشعب ضد ظلم وظلام جماعة الإخوان ومن كان يمثلها فى مكتب الاتحادية الرئيس المعزول محمد مرسى، إذن انحياز الأزهر للشعب فى 30 يونيو جعل هذه المؤسسة الدينية العريقة فى مرمى مدفع الهجوم الإخوانى اليومى ووصل الأمر إلى أن يوجه قيادات الإخوان ومن يواليهم الشتائم اليومية للدكتور الفاضل أحمد الطيب شيخ الأزهر بل والتشكيك فى وطنية هذه المؤسسة العريقة وقياداتها التى انحازت للحق وتصدت بكل قوة لمشروع أخونة الأزهر الذى كان مكتب الإرشاد يعد له منذ اليوم الأول لوصول مندوبها محمد مرسى إلى قصر الاتحادية وهو المشروع الذى فشل فشلاً ذريعاً بسبب الموقف الرافض لأبناء الأزهر لهذا المشروع الإخوانى. إذن العداء واضح وراسخ بين الإخوان والأزهر عقب الإطاحة بالرئيس مرسى والذى لم يكن يحترم ولا يقدر هذه المؤسسة التى لعبت دوراً كبيراً فى تاريخ مصر ولكن مرسى حاول إهانة هذه المؤسسة من خلال تدبير المؤامرات ضد شيخ الأزهر ففى خلال العام الذى حكم فيه الإخوان مرسى خرجت عشرات المظاهرات ضد شيخ الأزهر وذلك بتدابير إخوانية ومباركة المرشد وكان الهدف الإطاحة به لأن الدكتور الطيب كان بمثابة حائط الصد تجاه مشروع الأخونة وظهر دوره الكبير بمباركته لانتفاضة الشعب ضد حكم المرشد. وللعلم فإن علاقة الأزهر بالإخوان كانت دائماً مبنية على شىء واحد هو تأييد الأزهر لدور الإخوان الدعوى ولكن رفضه للدور السياسى وهو ما أكدته رسالة ماجستير، ناقشتها كلية اللغة العربية بفرع جامعة الأزهر بأسيوط، أن الأزهر «يؤيد» جماعة الإخوان المسلمين فى مجال الدعوة الإسلامية، و«يرفضها ويعترض عليها بشدة سياسياً».
