يقود محمد عبد اللطيف وزير التربية والتعليم والتعليم الفني ثورة على الهيكل الإداري للوزارة الذي وضعه الدكتور طارق شوقي وزير التربية والتعليم الأسبق، وأنهى فيه "شوقي" منصب وكيل أول وزارة، وكذلك أنهى تقسيم الديوان العام إلى قطاعات، وتحولت إلى إدارات مركزية، واستحدث خلاله عددًا من الإدارات المركزية على رأسها الإدارة المركزية للتعليم بمصروفات، وكانت تضم مجموعة من الإدارات العامة الهامة بديوان عام الوزارة. تفكيك بعض الإدارات المركزية ومنها الإدارة المركزية للتعليم بمصروفات ومؤخرًا اتخذ وزير التربية والتعليم الحالي محمد عبد اللطيف قرارات بتفكيك بعض الإدارات المركزية ومنها الإدارة المركزية للتعليم بمصروفات والتي كانت تضم الإدارة العامة للتعليم الخاص والدولي، والإدارة العامة للمدارس الرسمية والرسمية المتميزة للغات ( التجريبيات سابقآ) وكذلك كانت تضم إدارة المدارس الدولية الحكومية Ips، ومدارس المتفوقين للعلوم والتكنولوجيا STEM، وغيرها وكان آخر من تولى منصب رئيس الإدارة المركزية للتعليم بمصروفات محمد عطية، وعقب وصول "عطية" إلى سن المعاش، اتخذ وزير التربية والتعليم محمد عبد اللطيف قرارًا بتفكيك الإدارة المركزية للتعليم بمصروفات، وألغى مسماها الوظيفي، وضم الإدارة العامة للتعليم الخاص والدولي إلى الإدارة المركزية لشئون مكتب الوزير، وضم الإدارة العامة للمدارس الرسمية والرسمية المتميزة للغات (التجريبيات) إلى الإدارة المركزية للتعليم العام والتي ترأسها الدكتورة هالة عبد السلام. تفكيك الإدارة المركزية لمكافحة التسرب من التعليم وكذلك قرر وزير التربية والتعليم تفكيك الإدارة المركزية لمكافحة التسرب من التعليم، والتي كانت تضم عددًا من الإدارات العامة منها إدارة التعليم المجتمعي المقرر ضمها إلى الإدارة المركزية للتعليم العام، وكذلك إدارة المشاركة المجتمعية والجمعيات، وإدارة التربية الخاصة وغيرها من الإدارات العامة الهامة. ووصفت مصادر بوزارة التربية والتعليم تلك الإجراءات بأنها بمثابة تصحيح مسار للهيكل الإداري والتنظيمي لديوان عام الوزارة. وأشارت المصادر إلى أن الشق الإداري في ديوان عام الوزارة والمديريات التعليمية شهد خلال سنوات الخمس الماضية عددًا من التغييرات الجوهرية كان أبرزها إلغاء القطاعات، وإلغاء مسميات العديد من الوظائف التي كان يتضمنها الهيكل الإداري القديم للوزارة، كما تم استحداث عدد من المناصب الجديدة خلال الفترة الماضية، على رأسها منصب الوكيل الدائم بديوان عام الوزارة، واستحداث منصب وكيل ثانٍ في بعض المديريات التعليمية مثل مديرية التربية والتعليم بالجيزة.