مع بداية تنسيق الجامعات يزداد الخوف من حدوث كارثة فى حالة إصرار أنصار جماعة الإخوان على إحراج الحكومة الحالية وإظهارها بمظهر الحكومة الفاشلة أمنيا، وذلك من خلال استخدام طلاب الثانوية العامة المتقدمين للتنسيق كورقة ضغط، خاصة مع صعوبة تأمين المقر الرئيسى لمكتب التنسيق بجامعة القاهرة، والمدينة الجامعية للطلاب، الأمر الذي يحتاج إلى قوات تأمين كبيرة. وما يثير القلق هو العدد الكبير لطلاب الثانوية العامة الذين من المحتمل أن يكونوا في مكان التنسيق، ومن المتوقع أن يوجد بمكتب التنسيق الرئيسى، عدد يتراوح بين 180 و 200 ألف طالب وطالبة من طلاب الثانوية العامة، وما يزيد من خطورة الموقف أن الحكومة الحالية لا تستطيع نقل مقر المكتب، نظرًا لضيق الوقت؛ ولأن تنفيذ مثل هذا الأمر يحتاج إلى عدد من الإجراءات والتوقيعات التي قد تستغرق وقتا طويلا، يؤدى في النهاية إلى تأجيل العام الدراسى الجامعى، وهو الأمر الذي يستحيل تنفيذه. وبحسب المخطط المتوقع لإثارة المشاكل داخل مكتب التنسيق، فالقائمون على تنفيذه، يعتقدون أنه في حال التنفيذ قد يؤدى ذلك إلى لجوء أولياء الأمور، إلى حجب أبنائهم وبناتهم عن الذهاب إلى مكتب التنسيق، وهو ما ينذر بزيادة الاحتجاجات الشعبية ضد الحكومة التي لم تستطع توفير الأمن والحماية لأبنائهم الطلاب، أو قد يؤدى ذلك إلى عدد من الاشتباكات بين طلاب التيار الإسلامى الذين يتم دسهم بين الطلاب المتقدمين إلى مكتب التنسيق، وبين طلاب الثانوية العامة، مما يتيح الفرصة لمعتصمى النهضة إلى توسيع نطاق تلك الاشتباكات، وإحداث عدد من الأعمال التخريبية التي قد تؤدى بهم إلى إحداث ما يتمنونه من فوضى من شأنها إظهار الحكومة الحالية بمظهر العاجز عن تقديم الحماية للمواطنين والطلاب، مما قد يدفع الحكومه ومؤسسة الرئاسة إلى الخضوع لإملاءات هؤلاء، وذلك في حال تنفيذ مخططهم. كذلك تثار مخاوف عدة من أن يحاول أنصار المعزول قطع الطرقات المؤدية إلى مكتب التنسيق، وشل الحركة المرورية، من أجل تفويت الفرصة على الطلاب، وعدم تمكينهم من إتمام أوراق ترشيحهم إلى الكليات والمعاهد الحكومية. وقد يلجأ أنصار المعزول إلى تنفيذ مثل هذا المخطط في المراحل التالية للتنسيق، أو قد يحاولون إثارة الخوف والفزع في قلوب الطلاب من خلال نقل الاعتصام والتظاهر بالنهار أمام مدخل مكتب التنسيق من ناحية شارع الجامعة، من أجل إعاقة الوصول إلى المكتب. وما يزيد من حالات الخوف لدى المسئولين عن مكتب التنسيق بالقاهرة، هو اضطراب أعمال التنسيق الخاصة بسحب كراسات الشروط لدخول اختبارات القدارات والتي بدأت في 6 وانتهت في 20 يوليو الجارى. وقد أدى اعتصام النهضة إلى اضطراب أعمال مكتب التنسيق على مدى الأسبوعين الماضيين، وحاولت كلية الفنون التطبيقية بجامعة القاهرة نقل اختباراتها إلى جامعة حلوان، إلا أن إدارة الكلية أرجأت الأمر إلى بداية التنسيق، وترقب حالة الأحداث في ميدان النهضة، بحيث إذا تطورت الأحداث يتم نقل مكتب التنسيق واختبارات القبول من الكلية إلى جامعة حلوان. ولتفادى مثل تلك السيناريوهات اتخذ المجلس الأعلى للجامعات، عددا من الإجراءات الأولية، التي رأى ضرورتها في حال تصاعد الموقف السياسي خارج مكتب التنسيق، فقد فوض اللجنة العليا للتنسيق المكونة من رئيسى جامعتى عين شمس وحلوان، وأمين المجلس الأعلى للجامعات، والمشرف العام على مكتب التنسيق، بتحديد مواعيد فتح وإغلاق الموقع الإلكتروني للتنسيق وفقا لتطورات الأحداث.