اتهم فى اغتيال الرئيس الراحل أنور السادات، ومحاولة اغتيال رفعت المحجوب، رئيس مجلس الشعب السابق، والمفكر الراحل فرج فودة، ورغم أن المحكمة حكمت ببراءته من كل تلك التهم، إلا أنه قضى داخل سجون الرئيس السابق حسنى مبارك 15 عاما، هو الدكتور صفوت عبدالغنى، رئيس الهيئة البرلمانية لحزب البناء والتنمية، الذراع السياسى للجماعة الإسلامية، والمعروف بتصريحاته المثيرة للجدل، فهو من حمَّل الأقباط مسئولية أحداث الكاتدرائية، واتهمهم بإلقاء قنابل "المولوتوف" على الشرطة، رغم أن التحقيقات مازالت جارية أمام النائب العام. ويفخر عبد الغنى بحمل السلاح أيام "مبارك" قائلا: "حملت السلاح ضد مبارك وضد الفساد، وأنا فخور بذلك، لا توجد أية إشكالية فى أنى أحارب الفساد، حاربته دفاعًا عن نفسى، وتراجعت من أجل مصلحة الوطن، أما المسيحيون فهم لا يريدون أن يتراجعوا عن حمل السلاح". وأضاف: "حملت السلاح دفاعًا عن النفس، لأنى كنت أُقتل فى بيتى ومسجدى، وعندما تأكدت أن حمل السلاح حتى للدفاع عن النفس سيضر بالوطن عملت مراجعات، فى التسعينيات، حينما كان مبارك فى عز استبداده". وأعطى "عبدالغنى" الحق للإخوان فى تشكيل اللجان الشعبية قائلا :" بعض قوى المعارضة تنتقد "اللجان الشعبية"، فى حين تعتبر "بلاك بلوك" أبطالا". وأكد على أن علاقتهم بالجماعة طيبة قائلا: " سقوط النظام أدى إلى تقارب بين كافة التيارات الدينية، فعلاقتنا بالإخوان طيبة". ورغم تبرأ الجماعة الإسلامية من تنظيم القاعدة إلا أن "عبدالغنى" قال فى حوار له :"وجهة نظرى الشخصية أن تنظيم القاعدة له كل الحق وكامل الشرعية فى قتال ومحاربة المحتلين للدول العربية والإسلامية، سواء بأفغانستان أو العراق، وهذا يعد من الجهاد الواجب والمشروع، واعتراضى الوحيد على أسلوب تنظيم القاعدة هو القيام بعمليات عسكرية ضد الأنظمة العربية والإسلامية". اعتقل عبد الغنى بعد مقتل السادات، وقضى بالسجن ثلاث سنوات، ثم حصل بعدها على البراءة، وفى السجن، كما قال، تعرف على كل من الدكتور عصام العريان، القيادى الإخوانى، والدكتور عبدالمنعم أبوالفتوح، وعبود وطارق الزمر، والدكتور أيمن الظواهرى، زعيم تنظيم القاعدة الحالى، والدكتور ناجح إبراهيم، والعديد من قيادات التيار الإسلامى. وفى مسيرته العلمية التحق بكلية الاقتصاد والعلوم السياسية عام 1981، عقب القبض عليه فى قضية اغتيال السادات، وتم وقف قيده بالكلية لعدم حضوره المحاضرات، ثم التحق بكلية الآداب، جامعة المنيا، قسم دراسات إسلامية، وتخرج فيها عام 1992، أثناء وجوده بالسجن ، وحصل على ليسانس الحقوق عام 1997 من جامعة القاهرة، أثناء وجوده بالسجن أيضا، وحصل على الماجستير عام 1999 من كلية الحقوق، جامعة عين شمس، وحصل على درجة الدكتوراه من كلية الحقوق جامعة القاهرة عام 2007.