تمتلك وزارة النقل العديد من الصناديق المغلقة أو المعلقة، التي لا يتم استخدامها، رغم كونها تحتوى على مليارات الجنيهات، والتي كان يجب استخدامها في العديد من الأعمال؛ لتنمية قطاعات النقل المختلفة. «النقل السريع».. صندوق حكومى تم إنشاؤه مع بداية مشروع إحلال التاكسى الأبيض، تحت بند تمويل شراء مركبات النقل السريع، بفائدة منخفضة، لا تتعدى 7%، وموَّل الصندوق العديد من المشروعات، ورغم وجود سيولة مالية تتخطى مئات الملايين بالصندوق، يمكن استخدامها في تمويل تطوير النقل، وتمويل مشروعات النقل الحضرى بالقاهرة، إلا أن هذه الأموال لا تزال «مركونة» داخل الصندوق. ويعد الصندوق الروسى لتمويل مشروعات النقل، الذي أنشئ في عهد وزير النقل الأسبق المهندس هانى ضاحي، من أبرز الصناديق الخاصة داخل الوزارة، وكانت روسيا تخطط من خلال الصندوق، لتمويل العديد من المشروعات التي تصب في صالح تصنيع القطارات وتصنيع وسائل النقل وتطوير السكك الحديدية. لكن المثير في الأمر هنا، أن الصندوق الروسى اختفى، كما اختفت مشروعات النقل المشتركة مع روسيا، دون الإعلان عن أسباب، ومن جانبه، أرجع مسئول في وزارة النقل «اختفاء الصندوق الروسي»؛ بسبب اختلاف السياسة من وزير إلى آخر، مشيرا إلى أنه يصل حجم الاستثمارات بالصندوق الروسى إلى أكثر من 3 مليارات دولار، لم تستفد النقل منها بأى حال من الأحوال، ولم تفعل النقل مشروعات الشراكة مع روسيا حتى الآن. صندوق تمويل المشروعات الصغيرة، هو الآخر يعد أحد الصناديق التي يمكنها أن تصبح صاحبة دور كبير في تنمية قطاعات النقل المختلفة، ومع ذلك، فقدت النقل القدرة على التنسيق بين الصندوق والشباب الراغب في تنفيذ مشروعات في قطاعات النقل المختلفة. كما أنه تم رصد مبلغ مالى معطل من 10 سنوات، يبلغ 125 مليون دولار، في حساب بنكى مخصص لأعمال تنمية تطوير السكك الحديدية، بالاتفاق مع البنك الدولي، ورغم وجود الأموال، والحساب الرسمي، وتحويلها إلى أحد البنوك داخل مصر، إلا أن الوزارة حتى الآن لم تستخدم هذه الأموال نهائيا. من جهتها طالبت وزارة التخطيط وزارة النقل، بتحويل هذا الحساب لصالح ميزانية الدولة، بدلا من تعطيل المبلغ بدون أي مبرر، وهو ما رفضته النقل، وقالت: إن المبلغ الموجود بالصندوق سيتم توجيهه إلى تنمية الطرق ورفع كفاءتها، بالإضافة إلى الإنفاق على مشروعات الطرق من هذا المبلغ. وهناك أيضا الصندوق الكويتى للتنمية، حيث تم رصد ما يقرب من مليار جنيه، مخصصة لتمويل مشروعات الربط البرى والسككى بين الدول العربية، ورغم وجود الصندوق والأموال من عام 2008 تقريبا، إلا أن وزارة النقل لم تتحرك للاستفادة من المشروع، أو من الصناديق المعلقة؛ لتمويل مشروعاتها. في الوقت نفسه، تعطلت العديد من المشروعات العربية، والتي كانت ستكون نقلة في النقل الداخلى والربط العربي، ومنها ربط السكك الحديدية في ليبيا والسودان، وهو ما كان يضمن لمصر توفير أموال تطوير السكك الحديدية بالكامل، من صندوق التنمية الكويتي، لكن الارتباك الذي شهدته النقل على مدار السنوات السابقة، أدى لاختفاء مشروعات الربط السككى بين الدول العربية، وعدم وضوح موقف الصناديق العربية لتمويل مشروعات الربط.