مرت كليات جامعة القاهرة بعدد من الأزمات خلال العام الدراسي الماضي 2016/2015 أثارت صراعات ومشكلات داخل الحرم الجامعي، وكانت أبرز الكليات التي وضعت الجامعة في أزمات كبرى هي:"كلية الصيدلة والتجارة، ودار العلوم، وتجارة واقتصاد وعلوم سياسية، وإعلام وحقوق، وآثار، وهندسة". 3 كليات دون عميد أعلن الدكتور جابر نصار رئيس جامعة القاهرة، أن هناك ثلاث كليات داخل الحرام الجامعى بدون عميد وهم: "الآثار والهندسة ودار العلوم"، وتم إجراء انتخابات لتلك الكليات والجامعة تنتظر قرار مجلس الوزراء بشأن التعيين الرسمى، وأن كلية دار العلوم مسألة خاصة تعطينى الحق باستمرار القائم بأعمال العميد بالمنصب. حالة تزوير أعلنت الدكتورة جيهان يسرى عميدة كلية الإعلام، عن حالة تزوير داخل لجنة مناقشة الماجستير بقسم الإذاعة والتليفزيون، وتم إحالتها إلى التحقيق فور رفع مذكرة إلى رئيس الجامعة وتكلف الدكتور عادل عبدالغفار أستاذ بالكلية الإشراف على مناقشة الرسالة بدلا من الدكتور بركات عبدالعزيز وكيل الكلية لشئون الدراسات العليا الذي ضمه التشكيل المعتمد للجنة المناقشة. مهرجان البوس دعا طلاب كلية التجارة إلى تنظم مهرجان البوس بساحة الكلية احتفالية بمناسبة رأس السنة لتعبير عن الحرية ومن حق الطلاب التعبير عن الرأى بصور مختلفة مثلما يحدث بدول الأوروبية مما أثار أزمة داخل الكلية وغضب بعض الطلاب من هذه الدعوة، وأصدرت الكلية على الفور بيانا يؤكد رفضها لتلك المهزلة التي دعا إلى بعض الطلاب لأن الحرم الجامعى له قيم ومعايير. دعوة أبو تريكة كما دعا طلاب كلية التجارة بجامعة القاهرة، محمد أبو تريكة لاعب منتخب مصر، والنادي الأهلي السابق، إلى أداء صلاة عيد الفطر معهم داخل مسجد الجامعة. ووجه الطلاب الدعوة لأبو تريكة عبر صفحات موقع التواصل الاجتماعى "فيس بوك" لأداء الصلاة مع طلاب جامعة القاهرة. وطالب أبناء جامعة القاهرة الدكتور جابر نصار رئيس الجامعة، بفتح أبواب الجامعة لأداء صلاة العيد بالمسجد الكبير. وأكد الطلاب أن الهدف من الصلاة داخل الحرم الجامعي، هو التجمع في هذه المناسبة، ودشنوا، "إيفنت" تحت عنوان "عاوزين نصلي العيد في الجامعة" على موقع التواصل الاجتماعي «فيس بوك». وطالب الطلاب جامعة القاهرة بفتح أبوابها من بعد صلاة الفجر وحتى انتهاء صلاة العيد، قائلين: «إحنا عارفين إن اليوم ده إجازة بالتأكيد، ولكن إن شاء الله الجامعة هتلاقيلها حل كويس ونصلي العيد في جامعتنا». ولم تخلو كلية الصيدلة من الأزمات لأن الطلاب كان يرغبون في حضور الراقصة الاستعراضية صافيناز إلى حفل التخرج "البرمو" الخاص بهم الذي ينظم دخل فنادق القاهرة الكبرى ولكن إدارة الجامعة رفضت ذلك. وأكد رئيس الجامعة على رفض ذلك، قائل:" الجامعة تنظم موسم ثقافى يشمل رسالة لدى الطلاب إذا كانت ندوات دينية أو حفلات موسيقية وغير ذلك لم تسمح الجامعة". تخفيض الدرجات ناقش مجلس جامعة القاهرة في اجتماعه برئاسة الدكتور جابر نصار رئيس الجامعة وبحضور نواب رئيس الجامعة وعمداء الكليات، ما انتهى إليه الاجتماع الطارئ لمجلس كلية الاقتصاد والعلوم السياسية بالحامعة والذي انعقد لبحث ما أثارته إحدى عضوات هيئة التدريس بالكلية على مواقع التواصل الاجتماعي من توجيه النتائج بالكلية بشكل معين، وما أدعته بأن هناك تعليمات من إدارة الجامعة وإدارة الكلية تقضي بتخفيض درجات الطلاب أو تحديد نسب رسوبهم وأن ذلك مقصور على الشعبة التي يتم التدريس فيها باللغة العربية. وقرر مجلس جامعة القاهرة بعد مناقشته لهذا الموضوع في اجتماعه، الآتى: "إحالة الموضوع للتحقيق، منع سيادتها من التصحيح وأعمال الامتحان والكنترول لحين الانتهاء من التحقيق، تشكيل لجنة متخصصة من أستاذين في التخصص من داخل وخارج الكلية لإعادة تصحيح أوراق إجابات الطلاب مرة أخرى في المادة التي قامت سيادتها بتدريسها في الفصل الدراسى الثانى من هذا العام الجامعى، ووفقًا لمقتضيات العدالة، على ألا تتقيد هذه اللجنة بتصحيح الأستاذة المشار إليها، حيث إنها انفردت بذاتها بتصحيح الأوراق، وهو أمر مخالف لصحيح القانون، كما أنها ألزمت نفسها على خلاف الواقع والقانون بنسب من التقديرات، وهو أمر لم يعمل به في كليات ومعاهد الجامعة". وأشارت مصادر بمجلس جامعة القاهرة، أنها ليست المرة الأولى التي يتدخل فيها المجلس في مثل هذه الأمور، فقد سبق أن قرر إعادة امتحان بإحدى المواد في إحدى الكليات عندما خالف أحد الأساتذة القواعد القانونية في وضع الامتحان والتصحيح. كلية الحقوق بدأت الأزمات بكلية الحقوق بالتزامن مع الإفصاح عن إجراء الامتحانات داخل الخيام والتي غضب منها الطلاب، كما أنهت تلك الامتحانات بسقوط مروحة في إحدى لجان التي تجرى بها الامتحانات داخل خيام الكلية مما أثار ذعر بين الطلاب والمراقبين خوفًا من إصابة الطلاب، ولكن مرت تلك الواقعة بسلامة. بالإضافة إلى سرقة 281 كراسة الإجابة من داخل سيارة مستشار بمجلس الدولة وأستاذ بمادة القانون التجارى وكسر سيارتها من قبل مجهلون مما أدى حجب نتائج الطلاب وتحويل الواقعة إلى التحقيق وحرمان المستشار من التصحيح بكلية.