الدكتور عبدالمعطى بيومى -عضو مجمع البحوث الاسلامية- أكد أن الأزهر طوال حياته مستقل بمناهجه وإدارته ودراسته، و لم يكن هناك أى تدخل من الدولة إلا فى اختيار رئيس الجمهورية لشيخ الأزهر ، لكنه عاد ليؤكد أن هذا الشيء سيختفى باختيار هيئة علماء الأزهر له بعد ذلك ، وأكد "بيومى" أن ما كان يتم فى فترات ماضية من تبعية أحد شيوخ الأزهر للسلطة كان برغبة من شيخ الأزهر، ورهبة منه ولم يكن بممارسة أى ضغوط عليه ، وأضاف: الأزهر دائما كان على علاقة طيبة بالدولة، لأنه لا يفرض نفسه على السياسة , متوقعا أن تكون علاقته بالرئيس القادم قائمة على الحكمة والدعوة الحسنة ، و شخصية شيخ الأزهرسيكون لها دور كبير فى رسم هذه العلاقة وحدودها . جورجيت قلينى الناشطة الحقوقية القبطية أكدت أن العلاقة التى ربطت الكنيسة بالرئيس السابق كانت قائمة على الاحترام وأنه كان يراعى استقلال الكنيسة وخصوصيتها، وتوقعت ألا يكون هناك اختلاف بالنسبة لوضع الكنيسة فى ظل الرئيس القادم، الذى سيربطه بالكنيسة هو أيضا علاقة احترام وتأكيد على استقلاليتها .