هناك العديد من التحديات والملفات الشائكة التي يواجهها وزير الطيران الجديد، شريف فتحي، بعد توليه حقيبة الوزارة خلفًا للطيار حسام كمال، ومن أبرزها 6 ملفات: الروتين والقوانين ولوائح البيع والشراء والعمالة الزائدة التي لا يمكن تسريحها مراعاة للبعد الاجتماعي. وكذلك كيفية مواجهة ارتفاع سعر الدولار، وتراجع العملة المصرية في الفترة الأخيرة، وهو ما زاد من مصاريف التشغيل في المطارات وشركات الطيران والتي ترتكز معظم أنشطتها على التعامل بالدولار. ومن أبرز الملفات التي تواجه الوزير الجديد: عدم تقديم تمويل أو دعم من الحكومة لتطوير المطارات وأسطول مصر للطيران، كما يحدث في الدول الأوروبية والخارجية بل تعتمد شركات الوزارة على التمويل الذاتي من خلال القروض والالتزام بسدادها، دون تحميل خزانة الدولة أي أعباء مالية بل تفرض الدولة ضرائب على تذاكر السفر، مما يزيد سعرها، ويجعل المنافسة صعبة لمصر للطيران أمام الشركات الأجنبية. ومن أهم الملفات الملف الأمني وقضية تأمين المطارات، ففي أعقاب حادث الطائرة الروسية تعرضت أجهزة الوزارة لانتقادات شديدة لانخفاض مستوى تأمين المطارات المصرية ووجود ثغرات أمنية، بالرغم من تطبيق الإجراءات الأمنية طبقًا للتشريعات الدولية ومنظمة الإيكاو، وهذا الدور هو اختصاص أصيل للجهات الأمنية العاملة في المطارات، ودور وزارة الطيران هو التنسيق معها وتقديم التسهيلات والتصاريح للجهات والمنظمات الدولية عن طريق سلطة الطيران المدني للتفتيش على المطارات. دعوات وزارة السياحة والعاملين باتحادات الغرف السياحية والمنشآت الفندقية بعدم تقديم وزارة الطيران التسهيلات المطلوبة لتنشيط حركة السياحة الوافدة إلى مصر والذي يتجلى من وجهة نظرهم في أن يتم تطبيق سياسة السموات المفتوحة بنسبة 100% في مطار القاهرة وفتح جميع خطوط الطيران للشركات الخاصة والأجنبية لتسيير رحلات منه، وهو ما يهدد عمل الشركة الوطنية مصر للطيران التي تتخذ من هذا المطار مركزًا محوريًا لتسيير رحلاتها حول العالم، بالرغم من أن حصتها لا تتعدى 45% من إجمالي الحركة الوافدة إلى مطار القاهرة و25% من إجمالي الحركة في المطارات المصرية وأن 15 مليون سائح الذين زاروا مصر في 2010 لم تصل نسبة مصر للطيران فيهم إلى 8% حيث تعتمد الحركة السياحية على الطيران العارض. بالإضافة إلى قضايا البيئة والتغير المناخي، وتأهيل العناصر البشرية المدربة، وتكدس الطرق الجوية من التحديات التي تواجه صناعة الطيران المدني بصفة عامة والمصري بصفة خاصة.