أثار اختيار الدكتور يوسف القرضاوي -عضو هيئة علماء المسلمين- لإلقاء خطبة غداً الجمعة بجامع الأزهر اختلافات بين النقابات الإسلامية. وأكد الشيخ محمد الباز أمين نقابة الدعاة بالشرقية وعضو المكتب التنفيذي للنقابة العامة أن الدكتور القرضاوي عالم جليل أجبر على الخروج من مصر، ومنع من دخول الأزهر وحان الوقت كى يعتلى منبره ويخطب في المسلمين ولا يجوز لأحد انتقاده؛ لأن قدره عظيم في الإسلام وله مكانته عند المسلمين. فيما رفض محمد البسطويسي نقيب الأئمة وجود القرضاوي واختياره لخطبة الجمعة، متسائلاً: أين كان القرضاوي من قيام الثورة حتى الآن؟ولم يزر مصر إلا مرة واحدة وخطب جمعة التحرير وغادر بعدها البلاد، ولايجوز أن يكون إمام الأزهر ذو عباءة سياسية إخوانية يحمل في طيته أجندة خاصة بتيار معين. وانتقد البسطويسي قرار الدكتور طلعت عفيفي وزير الأوقاف تحديد جمعة كل شهر للقرضاوي بالأزهر الشريف. على جانب آخر رحب الدكتور محمد جميعة، المستشار الإعلامي لشيخ الأزهر، بوجود الدكتور القرضاوي بجامع الأزهر الشريف وإلقاء خطبة الجمعة خاصة وأنه عضو هيئة علماء المسلمين وعضو مجمع البحوث الإسلامية. وقال إنه لاتوجد خلافات بين الأزهر وبين علمائه، ومهما كانت اختلافاتهم السياسية، فهذا لاينقص من قدره ومكانته.