فوز الدكتور محمد مرسى بأول انتخابات رئاسية بعد ثورة يناير أثار تساؤلا مشروعا فى اذهان الكثيرين حول مدى احتمال مواجهته لأزمة سياسية تقلل من قدرته كرئيس للجمهورية على تحقيق مطالب الثورة خاصة فى ظل سطوة مكتب إرشاد جماعة الإخوان المسلمين المنتمى لها الرئيس مرسى رغم انه استقال رسميا من الحزب والجماعة وصدامه مع المجلس العسكري حول صلاحيات الرئاسة. المجلس العسكرى وفق رؤية الدكتور هاشم ربيع, مدير وحدة النظام السياسى بمركز الأهرام للدراسات السياسية والإستراتيجية سيكون هو العقبة وسبب الازمة مؤكدا ان المجلس العسكرى سيظل مهيمنا على التشريع وتشكيل الحكومة والحفاظ على الدولة المدنية وان كان كلام هاشم يتنافى مع تأكيدات المجلس بان الرئيس له سلطة تشكيل الحكومة. الدكتور ربيع أضاف إن المجلس العسكرى سيشل حركة الدكتور مرسى بتدخله فى شئون البلاد بذريعة الحفاظ على مدنية الدولة مشيرا الى ان الرئيس سيتحول لمجرد رئيس خدمات مسئول عن الزراعة والمياة والصناعة ولن يكون قادرا على اتخاذ قرارات مهمة او حاسمة متوقعا ان يظل هذا الوضع لحين اعداد الدستور واجراء انتخابات البرلمان. عن علاقة الرئيس بالعسكر استبعد الدكتور هاشم ربيع دخول الرئيس محمد مرسى فى صدام مع المجلس العسكرى موضحا فى الوقت نفسه ان اكتساب الرئيس لتأييد شعبى سيمكنه من الضغط على المجلس العسكرى للتراجع الى حد ما فيما يتعلق بالتدخل فى شئون الحكم من حيث السلطات التنفيذية. تركة مبارك ونظامه البائد سواء فى التعليم أو الصحة أو الاقتصاد وغيرها من المجالات ستكون - على حد قول نجاد البرعى الناشط الحقوقى – أكبر أزمة تواجه الرئيس مرسى مستبعدا ان يمثل المجلس العسكرى أزمة له مستندا فى ذلك على قصر الفترة المؤقتة التى سيكون فيها المجلس العسكرى شريكا للرئيس فى الحكم. بلهجة تشاؤمية للغاية اكد نبيل ذكى المتحدث باسم حزب التجمع ان ازمة مرسى ستكون مع المجتمع ككل المتمسك بمدنية الدولة والتى يفسرها الرئيس مرسى وجماعته بالطريقة التى تحلو لهم وتخدم مصالحهم قائلا ان الرئيس محمد مرسى سيجعلنا نواجه ازمة هوية لانه سيعمل لسيطرة جماعته على كل السلطات فى الدولة متناسيا ان الرئيس اكد على أن الدولة المدنية فى ميدان التحرير وعلى مشاركة كل الوان الطيف السياسى فى الحكومة. ذكى توقع ان تظل العلاقة بين المؤسسة العسكرية وبين الرئيس مرسى متوترة ولم يستبعد وصولها الى حد الصراع الحاد الذى لا يعلم احد من يحسمه لصالحه فى النهاية. الخبراء الامنيون والاستراتيجيون لهم اراء مهمة فى الازمات التى قد تواجه مرسى بعد فوزه بالرئاسة حيث اوضح اللواء طلعت مسلم الخبير الاستراتيجى ان فوز مرسى بالرئاسة يعنى درجة اقل من التفاهم بين الرئيس والقوات المسلحة لعدم وجود خلفية عسكرية للرئيس الجديد المنتخب نافيا ان يكون الزام الاعلان الدستورى المكمل للرئيس باستشارة المجلس العسكرى فى حالة الحرب او النزول للشوارع تدخلا من المجلس فى شئون مؤسسة الرئاسة. مسألة خطيرة وشائكة يمكن ان تمثل فتيل ازمة تواجه الرئيس محمد مرسى وهى انه سيكون من حقه كرئيس للجمهورية الاطلاع على تقارير المخابرات عن التنظيم الدولى لجماعة الاخوان المسلمين وهى مسألة اعتبرها اللواء طلعت مسلم مشروعة لمرسى ومن حقه كرئيس اتى بارادة الشعب التى يجب احترامها مطالبا فى الوقت نفسه تفعيل قانون محاكمة الرئيس بالخيانة العظمى بانيا طلبه بهذا الشأن على ان ترشيح المهندس خيرت الشاطر ومن بعده الدكتور محمد مرسى من مقر مكتب الارشاد يثير الشكوك. اللواء فؤاد علام الخبير الأمنى بشئون الحركات الاسلامية شدد على ان جهاز المخابرات يخضع لرئيس الدولة ويقدم التقارير له سواء ترضيه أو لا ترضيه مؤكدا ان مرسى كرئيس عليه ان يتعامل كرئيس جمهورية ويطلع على التقارير الاستخباراتية الخاصة بالتنظيم الدولى للاخوان وان يتعامل معها بما يحقق المصلحة العامة خاصة وأن المرشد العام للاخوان المسلمين احله من البيعة مستبعدا حدوث صدام بين الرئيس وبين المجلس العسكرى ناصحا الرئيس بالتعايش مع الوضع الذى اقره الاعلان الدستورى المكمل لحين انتخاب برلمان واعداد دستور جديد للبلاد. وعن علاقة مرسى بجهاز الشرطة فى ظل الميراث العدائى بينها وبين الإخوان, استبعد محمد زارع رئيس منظمة الاصلاح الجنائى ان تمثل فخا او ازمة لان جهاز الشرطة بطبيعته تابع للرئيس متوقعا الا يصفى الرئيس حسابات مع جهاز الشرطة لانه سيكون محتاجا له فضلا عن ان جهاز الشرطة ينفذ تعليمات الرئيس بصرف النظر عن انتمائه السياسى.