الشيخ عاصم عبد الماجد، المتحدث باسم الجماعة الإسلامية،أطلق جرس إنذار من استيقاظ الخلايا النائمة للقاعدة فى مصر،لأنها سوف تفتح بابا جديدا للخراب فى مصر،على حد قوله. فى الوقت نفسه،طالب عبد الماجد، الرئيس محمد مرسي بضرورة قطع العلاقات مع أمريكا وإلغاء زيارته لها، المقررة هذا الشهر، ليبعث رسالة لها برفض العالم الإسلامى كله الإساءة للرسول الكريم، بالإضافة إلى تهدئة الجهاديين بأن يكفوا عن عودة العنف في مصر. لكن الخبير العسكرى اللواء سامح سيف اليزل، يرى أن رفع لافتات بن لادن والظواهري أمام السفارة الأمريكية يؤكد علي تورط تنظيم القاعدة فى الأحداث الأخيرة، وأن تنظيمهم يفكر فى العودة بقوة. ويرى علي بكر، الباحث في شئون الجماعات الإسلامية بمركز الأهرام، أن ما يحدث في مصر الآن من اضطرابات سياسية وأمنية يؤكد أن هناك العديد من الأماكن المليئة بالجماعات المتطرفة والجهادية والتي تتنتمي إلي تنظيم القاعدة، والتي بدأت في العمل بشكل خفي لاستغلال العديد من الشباب في التنظيم، ضاربا المثل بمقتل السفير الأمريكى فى ليبيا. بكر لفت إلى أن حالة العداء بين «الإخوان» و»القاعدة»، تدفع أعضاء التنظيم الأخير،إلى ارتكاب حماقات كثيرة، من أجل إبعاد الرئيس مرسى عن السلطة. ويقطع ناجي الغطريفي، مساعد وزير الخارجية الأسبق بأن خروج العديد من الإسلاميين بلافتات سوداء تشير إلي الجهاد ورفع علم بن لادن أمام السفارة الأمريكية في نفس الوقت الذي تحتفل فيه أمريكا بذكري أحداث سبتمبر، أكبر دليل علي وجود تنظيم القاعدة الخاص بأيمن الظواهري في مصر، محذرا من أن تتحول مصر إلى مركز الجهاديين.