الشيخ سيد الظواهرى- أحد قيادات الدعوة السلفية الجهادية- انتقد حكم الإخوان للبلاد خلال المائة يوم الأولى، وقال ل»فيتو»: الصورة العامة غير مرضية، ولا مانع من وصول الدعوة الجهادية للحكم لتطبيق شرع الله الذى لم يستطيعوا الإخوان تطبيقه ولن يطبقوه.. الظواهرى ركز على أنهم يدعون للجهاد ضد اليهود وأن ادعاءات النظام السابق عن أن السلفيين الجهاديين حملوا السلاح فى وجه المصريين والمسلمين غير صحيحة، وجميع القضايا التى واجهوها تم تلفيقها ضدهم، ولا يوجد بها أى أحراز. وعن استخدام العنف ضد وزارة الداخلية، وخصوصا جهاز الأمن الوطنى الذى يعتبرونه لا يختلف عن أمن الدولة السابق قال الظواهرى: «لكل حادث حديث، والجهاديون خرجوا من السجون بعد عشرين عاماً، ويفكرون جيداً قبل استخدام أى أساليب جهادية ضد أى فرد بالمجتمع، لكن الجهاد ضد اليهود قائم». الدكتور أحمد زكى– أحد قيادات الدعوة السلفية الجهادية– قال ل»فيتو»: ما نفعله هو محاولة لإزالة الركام الذى تسبب فيه النظام السابق، لأن باب الجهاد مفتوح منذ الستينيات. مشيراً إلى أن مصطلح المقاومة مصطلح سياسى، لكن الجهاد مصطلح إسلامى ندافع من خلاله عن الغزو الخارجى. وقال أن الجهاديين السلفيين لا يعترفون بالدستور الجديد الذى يتم إعداده، لأنه يتنافى مع عقائدهم وأهدافهم فى توحيد العبادة، على ان تكون السيادة لله وحده، وليس للشعب. وأوضح أن الدستور الحالى يرى أن هناك إلهين، الأول فى المسجد للعبادة، والثانى خارج المسجد، وهو سيادة الشعب.