اتهمت الطريقة الرفاعية وعدد من الائتلافات الصوفية، وزارة الآثار بتدمير عدد من الوثائق التاريخية عن طريق نقلها بطريقة غير آمنة ومنها محتويات الكتب خانة "المكتبة" الخاصة بمسجد الرفاعي بالقلعة التي تحتوي على مراسلات تاريخية من العصر المملوكي. واعتبر اتحاد القوى الصوفية وائتلاف الطرق الصوفية، وضع الكتب بهذه الطريقة تدميرا لثروة مصر القومية وحق الأجيال القادمة بالمعرفة، وطالبت الائتلافات الصوفية بإحالة الأمر للتحقيق بالنيابة العامة ومحاسبة المسئولين عنه. وكانت وزارة الآثار، قد أقامت دعوى لطرد مشيخة الطريقة الرفاعية من مقرها بالمبنى الكائن بمبنى صغير بمسجد الرفاعي بالقلعة، وحصلت على حكم إلا أن الطريقة الرفاعية قد استأنفت على الحكم وما تزال الأزمة قائمة.