مشكلة التنظيم النقابي لم تكن أبدًا متمثلة في القانون 35، ولكن في تعديلاته التي أفرزت القانون 12 لسنة 1995. حقيقة أكد عليها وزير القوى العاملة والهجرة الدكتور أحمد حسن البرعي، خلال ندوة بعنوان «تعزيز قدرات كوادر وزارة القوى العاملة والهجرة في مجال الحقوق والحريات النقابية». القانون 12 حسب الوزير، أقر بأن أعضاء مجلس إدارة اتحاد العمال لا يتواجدون وسط القاعدة العمالية المنوط بها اختيارهم في اللجان النقابية، ولكن أقر بأن يصبحوا أعضاء في الجمعيات العمومية للنقابات العامة ثم يتم تصعيدهم مباشرة، وهذا قصور شديد. الوزير أضاف في الندوة التي نظمتها «القوى العاملة»، بالتعاون مع مكتب منظمة العمل الدولية بالقاهرة، أن رقابة الدولة جعلت من وزير العمل كما لو كان رئيسًا لإتحاد العمال، وهذا غير طبيعي بحكم القانون والإتفاقيات الدولية. موضحا أنه بموجب المستويات الدولية فلا يجوز حل النقابة، إلا بحكم قضائي أو بإرادة العمال، ولكننا خالفنا ذلك، وسمحنا للمستويات الأعلى في التنظيم النقابي بحل المستويات الأقل. «الحريات النقابية هي أهم مكتسبات العمال التي أفرزتها ثورة يناير»، حسب الوزير، وأهم مكتسبات العمال خلال النصف قرن الماضي، وأوضح لممثلي المديريات أن الأساس القانوني في مصر فيما يتعلق بإنشاء النقابات المستقلة يرتكز على أن مصر مصدقة على الاتفاقيتين 87 بشأن الحريات النقابية، 98 بشأن حق التنظيم، وبموجب هذا التصديق فإن تلك الاتفاقيات أصبحت جزء لا يتجزأ من القانون الداخلي وحين يتعارض القانون الداخلي مع الاتفاقيات الدولية يتم تقديم الاتفاقيات على القانون.