بدأت الأزمات في لجنة حقوق الإنسان مبكرا مع بداية دور الانعقاد الثاني، وتحديدا مع انتخابات اللجان النوعية التي أسفرت عن فوز النائب علاء عابد برئاسة اللجنة، بعد حالة من الغضب اجتاحت عددا من النواب، بعد قيام عابد بإقناع نحو 17 نائبا من خارج اللجنة، بالانضمام إلى اللجنة قبل الانتخابات بساعات قليلة. وجاء تحرك علاء عابد، الذي سيخوض انتخابات الرئاسة مجددا في دور الانعقاد الثالث -المقرر بدؤه في أكتوبر المقبل- بعد إعلان النائب محمد أنور السادات، رئيس اللجنة خلال دور الانعقاد الأول -الذي اسقطت عضويته فيما بعد- عدم ترشحه لرئاسة لجنة حقوق الإنسان خلال دور الانعقاد الثاني بمجلس النواب. وشهدت اللجنة أزمات حادة بدأت مع نهاية دور الانعقاد الأول وبداية دوره الثاني، وتحديدا بين النائب محمد أنور السادات، والدكتور على عبد العال، رئيس المجلس، بعد أن هدد الأول بتجميد عمل لجنة حقوق الإنسان، بسبب تعطيل رئيس المجلس أعمالها، وعدم السماح بالقيام بأعمالها فى زيارة السجون والتفتيش عليها، على حد قوله. ورد عبد العال في إحدى الجلسات العامة قائلًا: «لا يجوز أن نسمح للجنة بالعمل، والأخرى تقوم بالفرجة عليها، لا يجوز هذا المنطق إطلاقًا.. إذا وصل الأمر لذلك سأفتح باب الترشح على هذه اللجنة مرة أخرى ولن نقبل أى تهديدات أو ضغوط»، وبعدها رفض إعطاء الحديث للنائب محمد أنور السادات للتعقيب عليه. النائب إلهامي عجينة عضو اللجنة، كان أحد أبرز الشخصيات التي أثارت جدلا وافتعلت عدة أزمات، الأمر الذي دعا عددا من أعضاء اللجنة إلى المطالبة بمحاسبته، وهو ما دعا لجنة القيم إلى إصدار توصية بإسقاط عضوية إلهامى عجينة، على خلفية الشكاوى المقدمة ضده حول وصفه للبرلمان ب«المنبطح» وأنه تابع للحكومة. وأوصت اللجنة وقتها بحرمانه من حضور اجتماعات البرلمان لمدة دور انعقاد، على خلفية تصريحات إجراء «كشف العذرية» لطالبات الجامعات. جدير بالذكر أن "عجينة" قد اقترح إجراء كشف العذرية لطالبات الجامعات، لمواجهة الزواج العرفى فى الجامعات، ما أثار غضب نائبات البرلمان، واستغل الإعلام الغربى تصريحاته فى هذا الشأن، بكتابة تقارير صحفية اعتبرها البعض مسيئة للبرلمان.