بعد اتهامه فى قضية حرق نوادى الفيديو فى أسيوط، غادر حسين شميط مصر متوجها إلى السعودية، فى عام 1990، ثم انطلق إلى باكستان ومنها إلى أفغانستان فى معسكرات الجماعة الإسلامية هناك. ومع بداية دخول الأطراف الأفغانية فى حرب داخلية فى عام 92، ورفض الجماعة المشاركة فيها، غادر شميط، بأمر من الجماعة، إلى السودان، ومكث بها حتى عام 95 الذى شهد محاولة اغتيال الرئيس المخلوع حسنى مبارك فى أديس أبابا، فكان على رأس المتهمين فى القضية. «الناس فرحت بوضع مبارك فى قفص الاتهام مرة، وأنا فرحت بذلك مرات ومرات، حيث لم يرد الله النجاح لثمانى محاولات دُبرت لاغتياله، بخلاف ما هو معلن للناس»، عبّر بها شميط عن نفسه وأضاف «بعد حادثة أديس أبابا دب الحزن فى نفوسنا لعدم نجاحها، لكن الآن نقول إن الذى حدث هو تدبير العزيز الحكيم، فلو قُتل وقتها على أيدينا فى أديس أبابا لجعلوا منه شهيدا وترحمت الناس عليه ولصنعوا له تمثالا، لكن الآن الشعب المصرى كله عرف حقيقته ورؤيته فى قفص السجن أحب إلىّ من قتله على يدى». بعد حادثة أديس أبابا عاد شميط إلى أفغانستان، فتولى مسؤولية الجماعة الإسلامية هناك لفترة، إلى أن وقعت أحداث 11 سبتمبر، وسقطت حكومة طالبان، بعدها توجه إلى إيران فى بداية عام 2002م. ويصف الوضع فى إيران فيقول «على عكس ما يتصور البعض، فإن إيران مارست ضدنا كل أساليب القمع والاضطهاد، وعشنا فيها فى حالة مطاردات مستمرة وتعقب فى كل مكان نصل إليه، فكنا نتنقل من مكان إلى مكان، مما كان يكلفنا جهدا ومالا كبيرين، خصوصا أنه لم يكن معنا أى إثباتات شخصية أو جوازات سفر، وكثيرا ما كان يُقبض على زوجتى وأولادى من أجل أن أسلم نفسى، لأنى الشخص الوحيد الذى لم يقع فى أيديهم، لخبراتى الأمنية، حيث شاركت فى موسوعة الاستخبارات التى وضعتها الجماعة الإسلامية، وقد قُبض على جميع العرب الذين دخلوا إيران عبر أفغانستان، ووُضعوا فى السجون لفترات طويلة». أربعة من أبناء شميط، هم سارة، 14 عاما، وأحمد، 12 عاما، وحسن، 10 أعوام، ومحمد، 5 أعوام، لا يحملون أى أوراق رسمية، سواء شهادات ميلاد أو شهادات تعليم، فكان يستعيض عن إلحاقهم بالمدارس بالدروس الخاصة فى المنزل، فقد كان فى نزولهم إلى الشارع خطر عليهم. شميط يؤكد «إيران التى تتشدق بخالد الإسلامبولى وتسمى شارعا كبيرا فى طهران باسمه، أذاقت شقيقه محمد الهوان، فقد رفضوا بقاءه هناك وألقوا به خارج الحدود رغم أمراضه، وماتت زوجته هناك بسبب الإهمال الطبى». ولم يرجع شميط بعد عودته إلى بيته مباشرة، حيث وجد اسمه مدرجا فى المترقب وصولهم، بسبب حكم قضائى بالسجن خمس سنوات فى قضية إحراق محل فيديو بمدينة أسيوط، وهى تهمة، حسب شميط، ملفقة، وجاءت بإدلاء تحت التعذيب لأحد أعضاء الجماعة الإسلامية، بحسب شميط، الذى حصل على البراءة بعد العودة.