حالة من الجدل والارتباك أصابت موظفي الجهاز الإداري للدولة حول تطبيق لقانون الخدمة المدنية الجديد على قطاعات واستثناء قطاعات أخرى منه، الأمر الذي دفع الكثير من وزارات وقطاعات وهيئات داخل الجهاز الإداري للدولة للإعلان عن عدم تطبيق قانون الخدمة المدنية عليهم أو المطالبة باستثنائهم وفق اللوائح المنظمة لعملهم. جميع العاملين بالجهاز الإداري للدولة يطبق عليهم قانون الخدمة المدنية الجديد من الناحية الإدارية والمالية، إلا أجزاء من بعض القطاعات، لهم كادر خاص أو طبيعة خاصة وهذا ما أكد عليه صفوت النحاس رئيس الجهاز المركزي للتنظيم والإدارة السابق موضحا ل"التحرير" أن هناك احتقان بين موظفي الجهاز الإداري للدولة نتيجة اختلاف نسب الحوافز والبدلات بين كل قطاع الوضع الذي دفع البعض للحديث عن عدم تطبيق القانون عليهم بهدف حماية تلك المكتسبات من الحوافز والبدلات أو المطالبة بها، مشددًا على أن جميع العاملين المدنيين يطبق عليهم قانون الخدمة المدنية. النحاس قال إن ضباط وعساكر وزارة الدفاع لهم قانون خاص بهم لكن العاملين المدنيين بالوزارة يطبق عليهم قانون الخدمة المدنية، ونفس الأمر بالنسبة لوزارة الداخلية، أما فيما يخص الخارجية فجميع العاملين يطبق عليهم قانون الخدمة المدنية ويستثنى منه السفراء وممثلي مصر في الخارج. وفيما يخص وزارة التعليم أكد النحاس أن المعلمين والإداريين لهم كادر خاص تم إاقراره، ولا ينطبق عليهم القانون، أما باقي الموظفين داخل الوزارة والمدارس والهيئة التابعة لها ينطبق عليهم القانون، وبالنسبة للأزهر الشريف واتحاد الإذاعة والتليفزيون فلهم قانون خاص ولا يطبق عليهم قانون الخدمة المدنية. وفيما يتعلق بوزارات النقل والكهرباء والتضامن والتموين والتجارة الداخلية والري والسكان والزراعة فينطبق عليهم قانون الخدمة المدنية، أما الشركات والهيئات التابعة لها تطبق عليهم القوانين واللوائح المنظمة لعملهم. وأشار إلى أن القضاة في وزارة العدل لن يطبق عليهم قانون الخدمة المدنية فهم من بين الفئات التي لها كادر خاص إلى جانب أساتذة ودكاترة الجامعات التابعين لوزارة التعليم العالي لا ينطبق عليهم قانون الخدمة المدنية لكن موظفي الوزارة والجامعات يطبق عليهم القانون. النحاس شدد على أن تلك فئات التي تم استثناءها من القانون لها طابع خاص في عملها وتحتاج إلى معايير ومواصفات خاصة للموظف الذي يعمل بها لذلك هناك عدد من الامتيازات تحصل عليها تلك الفئات ولا يمكن معها تطبيق قانون الخدمة المدنية عليهم، ولم يكن يطبق عليهم القانون القديم 47 لسنة 1978 بالفعل، فليس هناك جديد في هذا الشأن. وفيما يخص الأطباء، قال النحاس إن وزارة الصحة خاضعة لقانون الخدمة المدنية برغم من ضرورة أن يتم استثناء الأطباء من القانون وهذا الأمر معمول به في جميع دول العالم فلا يمكن اعتبار الطبيب موظف يتبع الجهاز الإداري للدولة.