في أول يوم له بعد تنصيبه على كرسي القديس مرقس بيد الأنبا باخوميوس مطران البحيرة والذي كان قائمقام البطريرك والأساقفة أعضاء المجمع المقدس، التقى الأنبا تواضروس الثاني بابا الإسكندرية وبطريرك الكرازة المرقسية بعدد من وفود الكنائس العالمية من لبنان وسوريا وأثيوبيا والسودان، كما فتح بابه ليستقبل تهنئات شعب الكنيسة القبطية الأرثوذكسية، من الذين توافدوا على المقر البابوي. ويلتقى، ظهر غدا، البابا تواضروس الثانى، بالرئيس محمد مرسى، فى زيارة تهنئة بتتويجه بطريركا لكرسى مارمرقس. ويرافق البابا تواضروس وفد يضم كل من الأنبا باخوميوس، مطران البحيرة والأنبا بيشوى سكرتير المجمع المقدس والأنبا هدرا مطران أسوان والأنبا بولا أسقف طنطا والأنبا موسى أسقف الشباب والأنبا يوسف أسقف جنوب أمريكا. وقال الأنبا بولا، المتحدث باسم الكنيسة، لقد تدارسنا البروتوكول المتبع فى حالة تنصيب بطريرك الكنيسة الأرثوذوكسية، واتضح أن تنصيب البابا يكون فى حضور ممثل عن رئيس الجمهورية، ثم يعقبه زيارة من البابا الجديد إلى الرئيس، على أن يزور الرئيس الكنيسة كلما استلزم الأمر. وأضاف بولا فى تصريح خاص ل «التحرير» أن اللقاء، وفق ماهو متفق عليه، لا يتضمن شيئا غير التهنئة، إلا إذا أراد الرئيس أن يناقش أمر ما. مشيرا إلى أن الكنيسة لا تحمل للرئيس أى أجندات بل تحمل كل محبة. خبر الزيارة واجه انتقادات واسعة من شباب الاقباط، وطالبوا البابا الجديد بوقف الزيارة، واعتبروا أن زيارة البابا للرئيس لتلقى التهنئة، تعد إهانة كبرى. ويعد أول الموضوعات التي اتخذ فيها البابا قرارا حتى قبل تجليسه على الكرسي البابوي هو بدء العمل على تعديل لائحة 1957 لاختيار البطريرك، وستجتمع لجنة الترشيحات في السادسة مساء الغد(الثلاثاء) وهي اللجنة التي تكونت من 9 من الأساقفة و9 من العلمانيين أعضاء المجلس الملي وهيئة الأوقاف القبطية وبرئاسة الأنبا باخوميوس مطران البحيرة.