تساؤلات عدة فرضها طرح الحكومة مشروع قانون مكافحة الإرهاب الجديد، المُعد بواسطة وزارة العدل، وأعلن عن ملامحه وزير العدالة الانتقالية المستشار إبراهيم الهنيدى، خصوصا حول جدوى إصدار القانون فى الوقت الراهن، أو الإضافة التى يقدمها بخلاف قانون الكيانات الإرهابية، وحزمة التشريعات القائمة المنظمة للعقوبات. الأفعال والجرائم التى نص عليها مشروع القانون مجرمة بالفعل فى عدد من القوانين القائمة والمعمول بها حاليا، ومنها قانون العقوبات، إضافة إلى القانون رقم 8 لسنة 2015 الذى أصدره الرئيس عبد الفتاح السيسى مطلع العام الجارى، والمعروف باسم قانون الكيانات الإرهابية. وترجح مصادر أن تتجه الحكومة إلى دمج مواد القانونين فى قانون واحد، فى حال عدم إلغاء قانون الكيانات الإرهابية عند إصدار قانون مكافحة الإرهاب، حتى لا يكون هناك تكرار لمواد القوانين. وفى ما يبدو أن مشروع قانون مكافحة الإرهاب يبدو تكرارا ل«الكيانات الإرهابية»، إلا أن هناك عددا من الاختلافات الجوهرية بين القانونين، وتتمثل فى أن قانون الكيانات الإرهابية وضع تعريفات ومفاهيم دون تحديد عقوبات على الأفعال المذكورة فى القانون؛ فى حين تناول مشروع مكافحة الإرهاب كل الأفعال المذكورة فى «الكيانات الإرهابية»، وحدد لها عقوبات تختلف باختلاف الجرم المرتكب. ويعد قانون مكافحة الإرهاب أعم وأشمل من الكيانات الإرهابية، نظرا لأنه تضمن كل التعريفات التى وردت فى المادة الأولى من قانون الكيانات الإرهابية، وأضاف إليها مجموعة من التعريفات كتعريف الجماعة الإرهابية، والجريمة الإرهابية، والأسلحة التقليدية وغير التقليدية، وتعريف العمل الإرهابى، وهى كلها تعريفات لم ترد فى الكيانات الإرهابية، إضافة إلى ضعف العقوبات المنصوص عليها فى قانون الكيانات الإرهابية، التى اقتصرت على مجموعة من الإجراءات المترتبة على قرار إدراج المنظمات أو الجماعات أو الأشخاص على قوائم الكيانات الإرهابية. وتتنوع هذه الإجراءات بين الحظر وتجميد الأموال وغلق المقرات وحظر التمويل والانضمام للكيان المدرج على قوائم الكيانات الإرهابية، إضافة إلى سحب جواز السفر أو إلغائه بالنسبة للأشخاص المدرجين على قوائم الإرهابيين. بينما تناول مشروع قانون مكافحة الإرهاب وضع عقوبات على الأعمال والجرائم الإرهابية التى تشملها التعريفات المذكورة فى القانون فى 33 مادة، للدرجة التى تظهر أنه استكمال لمشروع قانون الكيانات الإرهابية من خلال النص على عقوبات خلا منها القانون السابق.