أثار رفض الإخوان اقتراح تولى رئيس مجلس الشعب مهام رئيس الجمهورية عديدا من التساؤلات حاولت قياداتها تبريرها.. الدكتور محمود غزلان المتحدث الإعلامى باسم الإخوان المسلمين، قال إن موقفنا يتماشى مع تقصير الفترة الانتقالية بحيث يتم ضغطها «فليس من المعقول المطالبة بانتخاب الرئيس قبل الفترة المحددة أو تسليم السلطة إلى رئيس مجلس الشعب ولدينا مؤسستان دستوريتان لم يكتملا بعد»، موضحا أن «وجود الجيش فيه ضرر شديد وأثبت فشله، لكن هناك ضررا آخر هو الفوضى العامة، ومن منطلق شرعى وواقعى فأنا مطالب باختيار أخف الضررين والسير فى الطريق الدستورى الطبيعى»، مشيرا إلى أنه يوافق على تولى رئيس مجلس الشعب السلطة شريطة أن يتم ذلك على نحو دستورى لا يطعن فيه أحد. محمد البلتاجى، الأمين العام لحزب الحرية والعدالة فى القاهرة قال ل«التحرير» إن رفض جماعة الإخوان المسلمين نقل السلطة إلى رئيس مجلس الشعب القادم منطقى لأنه إذا كانت نسبة ال40% التى حصل عليها الإخوان فى الانتخابات حتى الآن ومشاركتهم الموسعة فى البرلمان تقلق بعض القوى الليبرالية فكيف يدعون فى الوقت نفسه إلى أن يتولى الرئاسة من توافق عليه أغلبية إسلامية؟ إجراء انتخابات رئاسية يتطلب وضع قانون خاص بها الذى سيحتاج بدوره إلى بعض الوقت حتى تتم هذه الانتخابات وفق إجراءات قانونية ومواعيد محددة. الدكتور حسن نافعة أستاذ العلوم السياسية بجامعة القاهرة، قال إنه عندما يغرد الإخوان خارج سرب القوى السياسية برفض انتخابات رئاسية فى 25 يناير المقبل فإنهم بذلك يخسرون لحظة من المفترض أن يحدث فيها توحد لإنقاذ الوطن، مشيرا إلى أنه لن يكون فى مقدور أى فصيل سياسى مهما كانت قوته رسم معالم الفترة الراهنة للبلاد. يسرى العزباوى الباحث فى الحركات الإسلامية وصف بيان الإخوان بأنه نوع من المراوغة السياسية التى اعتادوا عليها وأنهم بذلك يريدون إرسال تطمينات إلى المجلس العسكرى بأنهم يسيرون إلى جانبه حتى لا يباغتهم ويقفز على السلطة أو يطبق الأحكام العرفية أو يحد من صلاحياتهم فى المرحلة المقبلة.